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保密检查是保密行政管理部门对贯彻执行党和国家保密工作方针政策、保密法律法规情况进行监督管理的主要手段。保密检查的对象主要是机关、单位，检查内容主要包括保密工作责任制落实、制度建设、宣传教育、定密工作、保密要害部门部位管理、国家秘密载体管理、涉密人员管理、重大活动和项目保密管理、保密技术防范、泄密案件查处等情况。在发现其他组织、个人有涉嫌违反保密法律法规的行为时，也应当进行保密检查。保密检查的形式主要有综合检查与专项检查，定期检查与不定期检查等。为应对高技术窃密的威胁，必须加大技术检查力度，提高保密检查的科技含量，加强对涉密载体、涉密信息设备、涉密信息系统和涉密场所等的检查，切实增强泄密隐患和漏洞的发现能力。
保密技术防护是为防范涉密信息泄露或被窃取，应用保密科技装备和手段，对涉密载体、涉密信息设备、涉密信息系统和涉密场所等进行的安全技术保护，主要包括物理安全防护、运行安全防护和信息安全保密防护等。保密技术防护能力是国家整体保密能力的重要体现。当前，我国保密技术防护整体水平较低，一些机关、单位保密技术防护基础薄弱，保密行政管理部门必须加大保密技术防护工作力度，大力推进技术自主创新，加快保密技术装备强制配备，切实提高保密技术防护能力和水平。
泄密案件查处是依法对涉嫌泄露国家秘密的违法、违纪行为进行调查核实，组织进行密级鉴定和危害评估，对涉及的责任人员进行处理，对发现的泄密隐患和漏洞采取有针对性整改补救措施的执法活动。查处工作的主要环节包括立案、调查、处理和结案。在立案环节，应对领导批办、检查发现和机关、单位报告、群众举报、有关部门移送的涉嫌泄露国家秘密的线索和案件进行审核，作出是否进行调查和处理的决定。在调查环节，应查明泄密原因、确定泄密责任人、进行技术核查取证、进行密级鉴定和危害评估，及时采取补救措施，同时，对泄密机关、单位提出整改要求。在处理环节，应在查清泄密案件事实的基础上，根据违法违纪行为的性质和情节，督促有关机关、单位对泄密责任人作出处理，涉嫌构成犯罪的，依法移送检察机关、公安机关或者国家安全机关追究刑事责任。结案是泄密案件查处工作的最后一个环节，保密行政管理部门对已经落实整改措施、有关责任人员受到处理的，或者涉嫌构成犯罪移送检察机关、公安机关或者国家安全机关的，应依法结束案件调查，按照有关规定建立案件档案。保密行政管理部门可以根据需要，在一定范围内对泄密案件情况进行通报，充分发挥泄密案件的警示教育作用。
保密行政管理部门的指导、监督，目的是督促机关、单位按照“谁主管，谁负责”的原则，贯彻执行党和国家保密工作方针政策，落实保密法律法规规定，履行保密工作各项职责，抓好保密工作落实，而不是替代机关、单位开展具体工作。“指导”，主要包括制发文件、召开会议、教育培训、提供咨询、提出工作意见和建议等方式。“监督”，主要包括督促、检查、调查、考核或者评估等方式。针对当前保密工作的新情况新问题，特别是机关、单位保密工作力量普遍比较薄弱的现状，保密行政管理部门应当不断加大工作力度，进一步加强对机关、单位保密工作的指导和监督，切实提高机关、单位保密工作水平。
第四十三条 保密行政管理部门发现国家秘密确定、变更或者解除不当的，应当及时通知有关机关、单位予以纠正。