在接下来几个月的战斗中，战场上的车臣人一如既往地英勇。不仅如此，他们还有了新的帮手——来自中东地区的穆斯林兄弟。这些中东的穆斯林们为车臣人带来了武器、资金、以及在阿富汗山区中总结出来的游击战经验。但与此同时，他们也带来了中东的伊斯兰极端zhuyi思想。他们的到来对于车臣人来说究竟是福还是祸，要到数年以后人们才会知道。

1996年是俄罗斯的大选年，为了拉拢选票，叶利钦提出要和车臣政府再次谈判。在双方筹备谈判细节的过程中，车臣总统杜达耶夫在某一天用卫星电话进行了一次时间很长的通话，长到足以让俄军的侦察机对他定位，然后紧急起飞两架战斗机发射导弹把他炸死。后来有人说，打这个电话给他的是俄罗斯的一名议员。

杜达耶夫的死让叶利钦稍微挽回了一点面子。5月27日，叶利钦与新任车臣总统在莫斯科见了面，宣布了新的停战协议。

7月3日，叶利钦顺利赢得了大选，成功连任俄罗斯总统。他现在已经不需要那份停战协议了。于是，在大选日的第二天，俄军撕毁了停战协议，重新开始了对车臣的进攻。

具体的战争过程这里就不再详细展开了。总而言之，在之后的战斗中，俄军的表现十分丢人，竟然在格罗兹尼反过来被车臣人包围了。在付出了惨重伤亡之后，俄罗斯政府只好于8月再次停战，然后在11月跟车臣签署了正式的和平条约。

现在，车臣真正从俄罗斯独立了出来。全体车臣人都在疯狂地庆祝这个伟大的时刻。

但是，独立就一定能像西方媒体所吹嘘的那样带来繁荣和稳定吗？

1997年1月，车臣共和国迎来了独立后的第一次大选。温和派代表马斯哈多夫获得了60%的选票，当选了总统。在车臣人气很高，但理念过于激进的巴萨耶夫在选举中失败。他接受马斯哈多夫的邀请担任了几个月的副，但却因为理念不和而辞职。

在这之后，巴萨耶夫就跑去找那帮曾经跟他一起作战的中东兄弟们了。他和这些人越聊越投机，大家在一起商议了一件大事。车臣的独立战争已经胜利了，但在车臣的东面，达吉斯坦省的穆斯林兄弟们还在遭受着俄罗斯人的压迫。巴萨耶夫决定要把达吉斯坦省的人民也从俄罗斯人的统治中解放出来，让他们也尝一尝独立的美妙滋味。

问题是，达吉斯坦省根本就不想独立。但这对于巴萨耶夫来说似乎根本不是一个问题。如果达吉斯坦人不想要独立，他就踹开门给他们送独立去。

巴萨耶夫和他的中东兄弟们开始越过边境线，在达吉斯坦内部建立了一些根据地，实行严格的沙里亚法。

巴萨耶夫这么乱来，马斯哈多夫作为总统就不能管管他吗？想管，但是管不了。车臣本来就是一个比较贫穷的地方，在过去几年的战争里，俄军的炸弹更是把这里变成了一片焦土。按说战争结束后，士兵们应该回归社会才对，可战后的车臣一片萧条，根本无法为他们提供工作。所以这些人就拒绝放下武器，跟着原来的老大好歹还能混口饭吃。这就导致了车臣在战后各地都是军阀，总统完全控制不了。

有人统计过，在这个时期车臣一共有160多个大大小小的武装组织。这些人仗着手里有枪，根本不把总统的命令放在眼里。比如说杜达耶夫的女婿在战后就变成了一个小军阀。他把总统称作是叛徒，然后每天带着人在街上游行，还在游行中把车臣的国家安全顾问（Security Chief）打死了。马斯哈多夫签署命令要把他逮捕，但最后却根本无法执行。