2、审批办法不统一。特殊工时制的审批是一种行政许可制度，但是国家未对地方的审批办法作出统一规定，而是由地方自行制定本地的审批办法。虽然权利的下放使得地方能够根据本地的行情来立法，但是也有相应的坏处。在审批权限上，有些地方没有详细的划分管辖范围，导致审批机关在审批时无法下手。在审批条件方面，有些地方担心用人单位故意钻法律漏洞，而对申请的企业进行严格审批，如要求企业提供工会的意见、职工的休息休假计划、工资的支付规定，要求以实地核查的方式进行审核等。而有些地方在经济下滑的影响下，放宽了审批条件，导致许多地方审批实行特殊工时制度的企业数量相差悬殊，这既影响了劳动标准的严肃性，也不利于不同地区之间的公平竞争。 在审批的有效期方面，大多数地方都规定用人单位的有效期为两年，有效期限届满，需要继续实行的，应当重新提出申请。