その時たくさんの人はこの重大な事件に対して全部心配でたまりませんでした:"幕官吏の腰は(臆病者)を脱いで、泥棒はむだに肝っ玉がおごり高ぶって、国体の事を数千百失って、佐久間、近澤は全て浦賀で，その他の気前が良い人を生んでおよび、、毎日敵情と4藩(彦根、会津、川もっと、我慢する)のを観察して防御する。凶悪な相手はこのを悲しんで、悲しみ憤り兼ねて着いて、9日まで滞在する。"

松阴だ悲しみ憤り問題を解決することはできないと感じるのを緩めて、主張が長くて、両国を防いで頑張りる:"豪傑の人は力を蓄えなければならなくて、気前が良い人は心を訓練しなければなりません。心は力を訓練して蓄えて、たとえ66国が益を辱めるとしてものが大きくて、益を患うのが深くて、、長く防ぐ両国はまるで西の隅でそびえ立つことができて、危ない天下のは眺めて、それを点検して辱めて、その災いを割りる。同じくしかし許也。"はそこで吉田松陰了《将及私言》、《急务条议》、《必胜策》、《急务策》、《攘夷私议》などを書いて、藩主なを捧げる。同時にまた（まだ）佐久間の象山、同郷の人の金子重之辅て密航して留学に外国へ行きを画策して、長崎にあるロシアの軍艦に身を寄せたいた。しかし彼らが長崎に到着する時、ロシア艦はすでに運転していきました。

安政元年(1854年)ペリーはまた米国の軍艦の7隻を率いて、浦賀に入りる。幕府これで少しも対策がない、任命する儒家林大学头长崎奉行大目付井户对马守觉弘、目付鹈殿民部少辅鸠翁使者、浦賀は米国の使者を受け付ける。しかしペリーは賛成しないで、神奈川で交渉すると主張して、幕府はどうしようもなくて、ただ賛成する。2月10日に神奈川で交渉を始める。3月3日に《日米が条約を修理する》(《神奈川の条約》)を締結して、日本はそれから国を開てる。金子重之輔と二人で、海岸につないであった漁民の小舟を盗んで旗艦ポーハタン号に漕ぎ寄せ、乗船した。しかし、渡航は拒否されて小船も流されたため、下田奉行所に自首し、伝馬町牢屋敷に投獄された。この密航事件に連座して佐久間象山も投獄されている。幕府の一部ではこのときに象山、松陰両名を死罪にしようという動きもあったが、川路聖謨の働きかけで老中の松平忠固、老中首座の阿部正弘が反対したために助命、国許蟄居となった。長州へ檻送された後に野山獄に幽囚された。この獄中で密航の動機とその思想的背景を『幽囚録』に記した。

吾はもし犯罪者のからだで死んで、必ず残して吾の志の人も”を継ぎると、吉田松陰教育を思うのは志の最も良い方法を伝承するのた。そのため、彼は獄中で読書に大量をしながら、共犯者を教育する。彼は監獄の中の犯罪者が徹底的な悪人ではないと感じて、誠実に彼らを導くのでさえすれ(あれ)ばを信じるのはよくなったのた。そこで吉田松陰獄中で孟子の学を解説して言いを始める。その時あった野生の山の監獄の人はすべて文字の獄の構造に向って類似するので、すべていくつかその時の有識者た。安政2年（1855年）に出獄を許されたが、杉家に幽閉の処分となる。

幕府の禁令のため，安政4年（1857年）をつけて、叔父の玉木文の入る“松下の村塾” 

[ ]に入って学術講演をすることしかできません。最初に学生は4,5人だけありる。それから学生は10人以上があって、元からある1つの家屋は眠りが狭くて、また学生とと一緒に着手して1つ建築する。ここは昼間テーブルを並べていて授業を受けて、夜にテーブルを集中して一角で寝室になりる。学生はすべて寄宿生で、家から玄米を持ってきて、学校で中は辺をつき砕いて食べる。松阴時には同じく参加して米をつきを緩める。学校の内で空気の自由、師弟関係が親切で、共にテーブルは食事をする。先生が眠って授業を受けるのを停止して、先生は農作をして学生自習する。