油菜疾病抗性蛋白序列特性与进化分析(2)
2.10油菜疾病抗性蛋白垂直同源序列的比较和进化树构建 12
2.11水平同源序列进化分析 15
3 结论与讨论 18
参考文献….….19
致 谢 20
油菜疾病抗性蛋白序列特性与进化分析
引 言
植物自身的生长状况与植物周围的生活环境有着密切的联系，在众多影响植物生长状况的原因中，既有自身的原因，同时也存在外界原因。从现有的数据分析来看, 作物产量非常容易受到外部原因的影响，其中占主导地位的因素有自然灾害以及病虫害 [1]，在这两种因素中，作物病害是限制农业生产的主要原因之一。一般情况下，利用抗性资源、运用常规育种的方法来培育抗病新品种，是人类克服作物病害的主要途径之一 [2]。然而，由于人类对植物与病原物相互作用机制方面的认识不够明确，再加上植物抗病性的复杂性，与此同时，常规育种途径本身也具有一定的局限性，因此，抗病育种一直都是人们在农业生产方面的有待进一步解决的重大课题。有关植物疾病抗性的研究最早开始于1901年的一篇报道，该文报道，可以通过锈菌的弱毒小种来给小麦接种以抵制锈菌的侵袭以后[3]，各国的研究人员在植物的疾病抗性方面都展开了进一步的研究。而在1915年发表的的一篇关于研究番茄花叶病的文章中，作者Brierly总结出了获得免疫的这个名词，这也是世界上第一次提出该名词[4,5]。在最近的几年时间里，世界上的研究人员加快了油菜疾病抗性蛋白序列和进化分析的研究，这些研究使得人们对植物与病原物的相互作用机制有了更深一步的了解，与此同时，这些研究和进一步的了解对植物的疾病抗性蛋白在农业生产方面的应用开拓了有力的探索方向 [6]。
油菜（Brassica rape）属于十字花科植物。油菜具有很大的实用价值，它不仅仅是世界上四大油料作物之一，在油料作物中产量居世界第三位，而且油菜榨油之后所剩余的菜饼还可以作为一些动物的食物所食用[7]。但病虫害和自然灾害这些外部因素对油菜产量影响很大，植物病害对油菜危害尤其严重。危害植物生长的病原菌和病原物种类繁多，其中菌核病、霜霉病、病毒病等是对我国的油菜产量影响较大的病害 [8]。本文通过研究油菜疾病抗性蛋白序列特性与进化，以期为进一步研究植物与病原菌的相互作用机制奠定理论基础。
1 材料和方法
1.1蛋白质序列下载
在NCBI数据库( National Center for Biotechnology Information, http: //www. ncbi. nlm. nih. gov / )查询油菜疾病抗性蛋白序列。由于获取油菜疾病抗性蛋白序列较多，且每条序列包含氨基酸数量较大，故选取一条登录日期较晚、目前为止研究信息较少的序列作为代表进行相关生物信息学分析。待分析序列如下(一条假定的疾病抗性蛋白序列，位于第10号染色体上，来自于测序品种Chiifu-401-4)。
>gi|685375990|ref|XP_009120982.1| PREDICTED: putative disease resistance protein At4g11170 isoform X2 [Brassica rapa L]
MAASSSSSLTWTHDVFPSFCGGDVRKTFLSHLLKELGSKGIKAFVDDGIDRGKPIGPELVKAIRESKIATVLLSRNYASSRWCLDELVEIMEWREKDQQKKVITIFYGVDPSDVRKQTGDFGKGFDRTCVGKEEKMKKEWRRALVDVANIAGYDSSRWHSEADLISKIALDLMDELGFTPSKDFDDFVGMEARIKEIMSLLSKHSDAKVKFIGVVGPTGIGKTSTARALYDRFSRDFEFSTFIEDIRGSKEMPSLGGSHHKYQLDCQKELLSRLFNQKDSKVGHLGVAEQRLRGKKVLIVLDEMDCLLKLEAMAKKADWFGPGSVIIITTEDRNLLKAQGIKCIYDMKLPDEVEAFQIFCQYAFGQKSIDYGPSIIRALHTRFFFYFQFRAFIEYVSGSNEMTSLGDSDYCKFQSAYQKTQYVDFYEFAWGITGLTGHLPLGLRVLGSSLRGKSRDEWISAVPRLKSSLDKGIESILIFGYNGLSYDKDRALFLYIACLFVGFTVDRVKRFLEDCDLDVDHGLQNLEQKSLISINTVFGYGYVKMHTLLQQMGRDIVKKKTKEIGKRQFLMDTKDISELLEDEDTGTGEILGIKLEAWGEENIQISKSAFKGMKNLQLLVLDSRNVRIPEGLSCLPDKLRLLEWPSCPLTFLPSKFSGKFLVELIMTYSKLEKLWDGIKPLQRLKRMVLRESWCLKEIPDLTNATSLEELDLHECKGLLELTSTIGNATKLKRCILSGCCLLKELPSSMGSLINLEELNLSQSTGLKELTGCLNLEILSGCSSLKRLDLRGTAIREVPLSIKSYLAHINKLDMSGCRNLKEFPNVPDSIEVLLLCKTRIEEIPPWIENLSHLRRLVMYGCEELKKISPNISKLENLEFLGLRKTGQSEHHDRGDDEFEDFPDLFEAVIEWDRNRWPGWILASDLEVDYILSRCLPAKALSLCLRSYGLNTIPDCITRLSGLIKLDVKGFRVLEALPPLPDSLLSLDAEDCVCLEIIDSSFHNPNICLNFAGCYGLSRNARRLIHTSDCKYALLPGEEVPEHFPHQADSGSLTINLTPRPLPSSLRFKACVLLSICHEGFTTHKDGVSCNVIGKQNGLTIQYGSNEHHMPFRFEEVEDHLYIFEDSFNLNQDCPEAGEATLSELLFEFLVHGNIWKVKGCGVRLLFPDSIIDINAANDDDDDDDDDDDDENKVEIDHDDGDEVESDDDEFMLVPGVEVPAHFTYRATSGFLKINQTPGPLPPSLRFKACILLSRGNINLVDDEDIVSWRLNYFFDDVDDHGEEKKYSMRVSCRFRGKQNGITVQYGSMQRDMPYICGWEERLYTFEDSFCLDQDLPEAEEATFSELVFHFKVFYKKWKVKACGVQLLEDEEESGRDEDEDDEAGDGDNNGVEEDIKDDVDKTQERDESRRDDDAETRSKKRMRFSLL