水稻剑叶角度对GA3敏感性的SSR关联分析(2)
1 材料与方法
1.1 供试材料
本试验材料为506份水稻资源，由杂交稻种质创新实验室提供。
1.2 田间种植和试验方法
2016年5月10日将供试的506份水稻资源播于南京农业大学江浦试验站播种，6月10日移栽。每份资源栽插1个小区，每个小区4行，每行8株。每个小区任选三株分别涂抹GA3作为处理，每株涂抹主茎穗，挂牌做标记，另选三株不处理作对照。株距20cm,行距20cm.常规田间管理。
GA3涂抹方法按制种实际进行，在水稻幼穗分化三期或四期进行涂抹，GA3总用量为0. 1mg，涂抹浓度0.1mg/mL， 分三次涂抹，按3：4：3的比例，连续3天上午进行,即当天上午涂抹300ul,第二天上午涂抹400ul，第三天上午涂抹300ul。（洪德林.2014.种子生产学实验技术）GA3处理液由“三优尔牌”75%赤霉酸（上海同瑞生物科技有限公司生产）和蒸馏水配成（配制前用少量的酒精进行溶解），用脱脂棉进行涂抹。每次涂抹GA3处理液时，均匀地涂抹到每株倒二叶上。
1.3 表型鉴定
第三次涂抹以后每隔7d进行一次观察，至植株完成抽穗定型后进行性状调查，调查剑叶角度这个性状。剑叶角度：剑叶叶枕以上茎秆或稻穗（如弯曲需竖直向上拉直）剑叶基部所在直线形成的夹角，精确到1°。
1.4基因组DNA提取、SSR标记基因型鉴定和等位基因鉴定
基因组DNA提取、PCR扩增体系、采用6%PAGE非变性胶进行电泳；电泳完毕后银染、显影方法参见Bassam等[17] 。
1.5数据分析
1.5.1表型分析
性状对外源GA3的敏感性用2个指标衡量。一个是差值（difference，D）,即将由调查性状的外源GA3处理平均值（average of treatment，AT）减去不作处理的对照平均值（average of check，AC）而得到。即D=AT-AC。D反映调查性状经外源GA3处理后的绝对变化，当D为负值时，认为是由实验误差或取样误差造成，将D记为0。另一个指标是敏感指数（index of GA3 sensitivity，IGS），IGS=D/AC×100%，IGS越大，表示对外源GA3的敏感性越高。
在Microsoft Excel 2010软件上，将506份水稻自然群体对GA3敏感反应的表型数据进行处理，分别求出平均数、标准差、最大值、最小值、变异系数、广义遗传率，敏感指数；并在方差分析软件中对数据进行方差分析。广义遗传率用以下公式进行计算：
其中，σ2g表示遗传方差；σ2e表示误差方差；n表示重复数。此参考盖钧镒的《试验统计方法》中介绍的方法[18]。
1.5.2群体遗传多样性分析
应用统计软件PowerMarker3.25，对542份水稻自然群体资源进行标记位点的遗传多样性分析（Liu和Muse，2005）：计算各位点的等位基因数（number of alleles per locus）、基因多样性（gene persity）和多态性信息含量（polymorphism information content, PIC）。