(4) PCR结束后,将扩增产物点到点样孔中进行0.8%琼脂糖凝胶电泳。电泳结束后,把胶放入到EB溶液中染色10min。染色好的胶放入凝胶成像仪,观察是否扩增出目的片段(约1500 bp),然后送至上海生工生物工程股份有限公司进行测序。
2.6.2 16S rRNA基因系统系统发育分析
根据测序结果,从GeneBank数据库中调出相似性较高的相关菌株的16S rRNA基因序列,然后用Clustal X[22]进行多序列比对,用Mega 5软件采用邻接法[23]进行系统进化树的构建和相似性分析。
2.6.3 DNA G + C mol% 含量测定
采用焦凯琳[24]的方法进行HPLC。
根据样品色谱图中脱氧核糖核苷酸的峰面积计算的G+C含量[25]。 (G+C)mol%含量计算公式:
(G+C)mol%= ×100%
2.6.4 DNA-DNA分子杂交
采用荧光标记微孔板法进行[26]。
3结果与分析
3.1形态和培养特征
菌株KLBMP 5180在查氏、NA、TSA、ISP 5、PDA、ISP 2、ISP 4培养基上生长较好,菌落颜色为浅黄色,在ISP 3培养基上中等生长,在ISP 5培养基生长较差(表3-1)。将菌株接种到ISP 2培养基上,培养7天后,通过扫描电镜观察菌株的形态,图(3-1中扫描电镜照片)显示细胞呈单个近球状,呈不规则的堆状,无菌丝形成。
表3-1 菌株KLBMP 5180的培养特征 来,自|优;尔`论^文/网www.youerw.com
查氏 NA ISP 3 TSA ISP 5 PDA ISP 2 ISP 4
KLBMP 5180 生长:good
菌落颜色:黄色 生长:good
菌落颜色:浅黄 生长:moderate
菌落颜色:浅黄 生长:good
菌落颜色:白色 生长:poor
菌落颜色:白色 生长:good
菌落颜色:浅黄 生长:good
菌落颜色:浅黄 生长:good
菌落颜色:浅黄
图3-1 菌株KLBMP 5180在ISP 2培养基上培养7天的扫描电镜照片
3.2生理生化结果
菌株KLBMP 5180是革兰氏阳性菌,(表3-2)表明菌株KLBMP 5180温度生长范围4-37oC,可在pH4-10范围内生长,可耐受0-7%NaCl浓度。能够水解Tween80、Tween40和Tween20,脲酶实验、淀粉酶水解实验阳性,过氧化氢酶阳性,牛奶冻化实验、明胶液化实验均呈阳性;H2S产生实验,纤维素酶水解实验均呈阴性;能利用D-核糖、L-阿拉伯糖、甘露糖、棉子糖、鼠李糖、木糖、纤维二糖、半乳糖、D-果糖、麦芽糖、葡萄糖、糊精、肌醇、丙氨酸、脯氨酸、缬氨酸、甘氨酸、精氨酸、丝氨酸、组氨酸、赖氨酸作为唯一碳源、氮源生长;微弱或不能利用丙氨酸、甘氨酸、纤维素、乳糖、D-山梨醇、海藻糖、赤藓醇、木糖醇、半胱氨酸、DL-酪氨酸、L-天冬氨酸、谷氨酸;KLBMP 5180与相近物种在碳源、氮源的利用上存在差异。