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在19世纪中叶，对植物内生细菌就已经开始了研究，到1886年DeBary[1]首先提出植物内生菌一词到20世纪30年代，由于发现牲畜因食用感染内生菌的牧草后大量死亡，造成牧业上的重大损失，内生菌的研究才广泛开展起来[2]。植物内生菌泛指那些生活在植物的根茎叶等组织内，对植物组织没有明显病害作用的微生物，包括那些菌根菌和对宿主暂时没有伤害的潜伏性病原微生物[3]。植物内生菌对植物植物的作用是具有两面性的，一方面大多数植物内生菌能为产生多种有益的生物学作用，如防止植物免受细菌真菌的侵害、促今植物的生长、增加植物的抗逆性、固氮等，但还能对寄主植物的生长发育产生不利影响[4]。44588
研究也发现内生菌具有丰富的生物多样性。对于一种植物而言，从中可分离到的内生真菌和（或）细菌通常为几种至几十种，有的甚至多达数百种[5]，存在于各种植物的根、茎、叶中，对宿主植物没有明显的毒害作用，大多数都能促进植物的生长和繁殖，如根瘤菌等体内多数氮素都是由内生菌提供的。植物内生菌主要包括细菌、真菌和放线菌三大类。
植物内生菌大多有利于植物的生长和发育，它的功能可以被概括为以下几点第一固氮，定植在植物内部与植物共同的固氮的微生物就是固氮内生菌。现在认为内生固氮菌通过固氮为植物提供大量的氮元素从而促进植物生长。第二促进植物生长。植物内生菌产生的次级代谢产物能够帮助植物对矿物质元素的吸收从而促进植物生长。第三他感，他感就是植物能对外分泌一种物质，分泌的这种物质，能够影响外界植物的生存和发展，是种间斗争的一部分论文网，生存的一种特殊形式。第四增强植物抗性，感染内生菌的植物对环境胁迫具有更强抗性。内生菌还可增强宿主对各种病原细菌和真菌、线虫、昆虫及哺乳动物的抗性，保护宿主免受危害。对植物病虫害的防治具有重要意义。第五能促进植物修复作用 当植物受到某种重金属盐毒害时，果有合适的内生菌，可以帮助植物看减缓甚至修复受损的植物[6]。
植物内生菌与植物能够在一起和谐生存主要有以下的几种关系、寄生、共生、和腐生等，要确定从植物体内分离得到的内生菌与植物的内生关系相对比较复杂。但要确定分离得到的细菌是不是要找的内生菌常采用的方法是把分离得到的细菌重新接种到无菌的植物体上，看能再次分离到对植物无害的相同细菌。但该试验成本比较高、过程复杂，所以不经常使用，毕竟与内生菌的筛选相比，这个也不太重要[7]。
由于近年来果蔬植株受到大量微生物的侵害，严重影响果蔬的产量，果农主要通过喷施农药来杀死病原菌，长期这样使得有些病原微生物产生了抗药性，使农药并不能有效的杀死病原微生物，研究表明植物内生菌与病原菌在某些生活方式上非常相似，在植物体内它和病原菌存在相互竞争营养、空间，使病原菌缺少营养而死亡，从而植物内生菌可以抵御病害。有的植物内生菌可以分泌次级代谢产物，这些代谢物质能够诱导植物产生系统抗性。因此可以对植物施用植物内生菌, 来增强植物的抗逆性，起到生物防治效果，既减少了环境的污染，又保证了植物的品质[8]。
研究表明在植物内生菌生物学特性研究上,由于内生菌生活在植物这一特定的生境内,植物不同、环境不同，其生活的环境和营养条件也不同，现在没有一种理想的培养方法可以检测到所有的植物内生菌[9]。
具有拮抗性的内生菌对病虫害的有效防治，使得对内生菌的研究逐渐变得火热起来，现在，对于内生菌的病害防治还是起步阶段，由于内生菌本身对植物体内生环境的要求比较苛刻，化学对药物的防治还是主流，所以，生物防治的研究之路还有很长的路要走。