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洪秀全在营救冯云山回来之后，肯定了其在关键时刻挽救太平天国的功绩，承认了其天父代言人的特殊身份。下诏“天父下凡诏书”，并印刻颁布：“圣神是上帝，盖太兄上帝太子，太兄来上帝也来也，今上帝暨基督下凡是也”[2]。杨秀清在反对清朝封建革命斗争中，表现卓越，深得洪秀全的器重。在加上杨秀清本身怀有超群的军事才能和优秀的组织能力，所以，在永安封王之后，洪秀全就把指挥权交给了杨秀清，地位仅次于自己。在政治上，洪秀全职位为天王，一国之主，称“万岁”杨秀清则为东王，位低于洪，高于其他众王，称为“九千岁”二人属君臣关系。可是以宗教角度来说，洪秀全只是天父上帝的第二个儿子，而杨却是天父的唯一代言人，杨秀清地位反而位高于洪秀全。由于太平天国实行的是“政教合一”的体制，于是便出现了“一朝二主”的现象，这实际上是对洪秀全在现世权利来源合法性的挑战。所以，这种政治里的君臣关系和宗教里的父子矛盾，为以后的分裂埋下了伏笔。
由于杨秀清卓越的组织指挥能力，和特殊的身份地位，在战争当中曾多次以“天父下凡”来鼓舞太平军的士气，后来却发展成常以天父之名来斥责打击洪秀全，洪秀全虽知这是骗局，但也是无可奈何，一旦此事被揭穿，连自己的地位也会被社会否定。于是在定都之后，洪秀全便闭关在深宫之中，安于享乐、沉迷女色，荒于政事。杨秀清看如此状况，便不可一世，屡次拿小事训斥洪秀全，以此来树立自己的威信，久之，便形成了大权由杨秀清总览的局面，杨秀清虽然掌握大权，但也并不是最高领导人，为了巩固自己的权力与地位，杨秀清不断的打击洪秀全最高领导人的地位。后来，在刚刚解除天京外围敌人威胁不久，实权在手的杨秀清又以“天父之名”把洪秀全召到东王府，逼迫洪秀全封其为“万岁”洪秀全只能答应他，无奈道：“东王打江山，亦当为万岁”。[3]
面对洪秀全与杨秀清日益激化的矛盾，再加上杨秀清的步步逼近，于是洪秀全便急忙密诏正在远赴江西作战的韦昌辉和在丹阳作战的秦日纲率部队回京灭杀杨秀清。洪秀全与杨秀清的矛盾发展到这一步，也只能以这样悲剧性的结尾收场。1856年9月1日，韦昌辉率领三千余人士兵赶回天京包围了东王府，将熟睡中的杨秀清杀死，并将府内其他亲属、仆人以及与其有关的官员、侍卫，无论男女老少，全部杀尽。出现了血洗东王府的悲剧。9月4日，韦、秦又派部队屠杀了已经放下武器的东王府余兵五千余人，一个月下来，共杀了两万多人，甚至连妇女、儿童都不放过，天京城内被一片血色笼罩。
正在湖北战场的石达开听说了“天京内讧”以及东王府事件，急忙赶回天京，想要制止韦昌辉和秦日纲的滥杀。此时太平天国的军民也把稳定天国的希望寄托在石达开身上。但是韦昌辉已经杀红了眼，根本不听规劝，而且还竟要将石达开至于死地。石达开成功逃出天京之后，但其家属皆遭杀害。洪秀全明知此事的严重性，却在韦昌辉的威逼下悬赏取石达开的首级。此事发展到11月下旬，洪秀全虽然下令杀韦昌辉和他的追随者，结束了这一血腥的内乱，但对石达开的忠义观无疑是一大打击。
如果说太平天国的灭亡是一个悲剧，那么天京内讧则是悲剧的导火线，天国兄弟屠刀相向、自掘坟墓、自相残杀，给敌人喘息准备的机会，这无疑为太平天国运动的失败埋下了伏笔。
二、腐败与人心相背
在封建社会当中，反抗专制统治者压迫的农民起义当然是正义的，但是始终不可能建立一个超越封建专制的其他政权，太平天国当然也不例外。