首先，早期来华的东正教传道团是在中国不允许外国在本国设立外交机构的情况下，作为俄国在中国的集宗教、外交和研究为一体的战略据点而存在和受到重视的，同时其日常活动也以服务在华俄侨的宗教生活为主。虽然其派遣机构有向中国传播东正教的想法，但一直没有将其作为在华传道团的主要目的。到1818年，沙俄政府甚至明确指示在华传教士团:“今后的主要任务不是宗教活动，而是对中国的经济和文化迸行全面研究，井应及时向俄国外交部报告中国政治生活的重大事件。” 自此到1861年，驻北京传道团专注于关于中国事态的情报收集工作，这些资料受到俄国政府的重视，成为俄国胁迫中国签订中俄《瑷珲条约》、《天津条约》和《北京条约》重要的一环。以第十三届驻北京传教士团团长巴拉第为例，他在写给《瑷珲条约》全权负责人穆拉维约夫的报告中提出了大量建议，“中国政府由于内乱四起，不得不对于我国采取妥协政策。”“此间政府对有争议的黑龙江一线既明知难保，势必承认新边界这个事实。” 使得穆拉维约夫做出了更加有利于俄国的决策。

其次，早期东正教在华传道团内部纪律松散，教会成员素质普遍不是很高。东正教在华传道团的宗教成员一般由一名修士大司祭、两名修士司祭、一名修士辅祭和两名教堂辅助组成。领班传教士在自己的回忆录中常常会写到自己属下人员不听管教顶撞自己甚至恶意攻击自己的情况，被派往北京的传道团一般在北京待十年，但其任期时间并无定制。他们这种为所欲为，不受管制的行为主要归结于以下两点：一则他们会在北京呆很长的时间，天高皇帝远，基本受不到俄国本土的制约；二则一般回到俄国他们也不会因为这种行为受到任何惩罚。既然教堂人员基本没有什么规则顾虑，这些人很难去维持一个良好的教堂秩序。“不仅修士司祭可以随随便便当着那里居民的面极其下流无耻地指着鼻子辱骂自己的上司修士大司祭，连教堂辅助人员和学生也都可以轻易地干出这种事来。” 这也导致当时本身优越感强的中国人对俄国东正教很没好感。“说它既不教其信徒遵守教规，也不教他们遵守良好秩序，所以俄国人没大没小，每个人都妄自尊大。” 除此之外，还常常出现教会人士过度纵酒而命丧黄泉的现象，在早期派往北京的十三届传道团中，有七届传教团团长因饮酒过度等原因导致身体状况太差最后在北京去世。俄国人自身具有饮酒的习惯，加上北京更为湿热的气候，如果不加以控制，很容易使身体受损，再者，因为远离家乡而带来的归宿感的缺乏，又使得他们借酒消愁，常常处于消极怠工的状态。

在传教方式上，俄国东正教在华传教过程中一直未完成相应的中国化过程。十六世纪末，天主教传教士利玛窦来华传教过程中，曾先后打扮成和尚和儒士以便被中国人接受，并利用儒家思想论证基督教教义，试图拉拢中国的士大夫阶层和统治阶级，还配以当时而言相当先进的西方科学知识。相对于此，俄国在华东正教却一直保留着东正教自身的习惯。从最高圣务会给传教团的训令中可以看到，“不得添加任何迷信的东西，毫无意义的故事，伪造神的奇迹和启示，尤其不得自己杜撰一套，以免受到非常严厉的惩罚。” 在早期历届传道团中，很难看到有人将东正教教义与中国本土文化相结合进行传教的。在其穿着相貌上，当时在华的俄国人依然蓄着大胡子，穿着高筒帽子和窄腰肥袖的袍子，和中国人完全不同，也使得中国人心理上认为他们是野蛮之辈，更不屑于以他们为师。