万历二十一年（1593年），暴雨导致漕河泛溢，济宁至徐州一带运河堤岸溃决两百余里，漕运大受干扰。总河舒应龙在微山湖东面的韩庄开挖沟渠四十余里，引彭河水入泇，这就是韩庄新河，后来成为泇河的上游河段。万历二十八年（1600年），总河刘东星对韩庄河进行加深拓宽，并在万家庄、台家庄、侯家湾、良城等地开凿新河。由此，泇河初通，漕船十之二三由泇河北上。万历三十年，刘东星不幸病逝，泇河工程再次陷入停滞。

万历三十一年，黄河在单县、曹县决口，冲破沛县大堤，灌昭阳湖，穿过夏镇，冲进新河河道，危及漕运。面对危局，总河李化龙力主大开泇河。万历三十二年（1604年）起，李化龙以舒、刘治泇的旧线为基础，彻底开凿泇河。泇河由夏镇李家口引水，向东南流与彭河汇，经韩庄湖口，过泇口镇，合泇、沂诸水，南流至邳州直河口而入黄河，长260余里。此后，总河曹时聘将泇河疏浚拓宽，修建堤坝，并设立公署、兵巡、邮驿等机构。至此泇河之工正式告成。

开通泇河，避开黄河之险，是明代“避黄行运”方略的成功实践，迈出了运河摆脱黄河干扰的第一步，具有开创性意义。摆脱黄河的影响，不再受到自然条件的束缚，使京杭大运河的发展达到了一定的历史高度。清代治河专家靳辅对泇河作了极高的评价：“运道诸水之开，莫善于泇河，既避黄河之险，又资泉湖之利”[3]276。时人赞曰：“（泇河）初尚浅于艰阻，今遂成康衢。避淮黄三百里之险，而所费不及先朝所估十分之二，真不世功也”[3]330。