1。4 3D-QSAR模型

定量构效关系(Quantitative Structure-Activity Relation-ship, QSAR)的探索,起始于药物设计领域,通过研究生物活性和理化参数之间的相关性预测新化学品的活性,指导新药和杀虫剂的合成。在环境化学领域，QSAR可用来预测化学品在环境中的暴露水平，同时又可对其生物活性作出评价。[[[14] 徐满，张爱茜，韩朔睽，王连生。三维定量构效关系研究进展。 [M]。 环境科学研究，

2002。15：1]]文献综述

定量结构-活性关系（3D-QSAR）代表一种预测化合物的有吸引力的方法与更精细的计算相比，活动方法,它的优点是速度快，成本低。自从COMFA（比较分子现场分析）在1988年的时候，数以千计的研究出现了应用该技术的成功。COMFA的独创性在于代表分子它们的空间和静电场在常规网格上采样以产生方便的大量描述符使用偏最小二乘法（PLS）处理。尽管如此引进了许多后续的3D-QSAR技术，明确地针对解决协理组织的缺点，并寻求更多分子领域的复杂处理或它是如何采样，但是该方法仍然是最强大的一种预测方法。[[[15] John Manchester and Ryszard Czermin´ski。 SAMFA: Simplifying Molecular Description for 3D-QSAR。 [J] 。 J。 Chem。 Inf。 Model。 2008, 48：1167-1173]]

三维定量的构效关系（3D-QSAR）是通过在三维空间上来剖析一系列化合物的结构因素, 建立具有较高预测能力的药效团模型, 映射受体部位(receptor mapping)的特征。[[[16]钱力，沈勇，陈锦灿，郑康成。 抗癌性叫噪哇哇琳衍生物3D-QSAR研究及其分子设计。 [J] 。物理化学学报。 2006,22(11)：1372-1376]]

药用化学家可以依赖于生物学目标的知识（基于结构的药物设计，SBDD）或其已知配体（第二个结合配偶体），在基于配体的药物设计（LBDD）中，尽管这两种方法通常并行使用。目前，3D-QSAR技术比较分子场分析（COMFA）和比较分子相似性指数分析（COMSIA）代表了最成功的广泛使用的LBDD方法估计结合亲和力在特定化学系列的配体中并用于引导合成新的。3D-QSAR通常可以给出更准确的预测配体结合亲和力比SBDD，虽然是仅限于其原始化学系列的配体培训。

传统的QSAR方法，包括了辛醇—水分配系数法、LSER法、Free- Wilson模型以及分子连接性指数法,他们均是以分子的二维结构为基础。[[[17]王连生, 韩朔睽。 有机物定量结构-活性相关。 [M] 。北京。中国环境科学出版社。1993。]]

在3D-QSAR模型中，统计分析通常是偏最小二乘法（PLS）进行相关配体的分子结构到其生物学终点（通常是一种措施的结合亲和力或激动作用）。在COMFA中，分子结构由分子相互作用领域描述（MIF），其捕获分子相互作用特征与生物活性相关。 MIF生成计算探针原子或分子的相互作用对齐配体结构在3D网格上的不同位置。传统的COMFA使用静电和空间MIF，这是使用原子为中心的单极子和Lennard-Jones潜力分别为在COMSIA中，相似性指数用于描述分子结构。这包括氢键和疏水场另外到立体和静电场。一般来说，质量和这些领域的准确性影响了质量和预测能力。我们基于分子轨道计算（电子密度）使用了一组四个本地属性（ρ），氢键供体场（HDF），氢键受体场（HAF）和分子亲油性势（MLP））研究克服当前基于力场的分子相互作用场（MIF）的局限性。[[[18] Ahmed El Kerdawy Stefan Güssregent Hans Matter Matthias Hennemann and Timothy Clark。 Quantum Mechanics-Based Properties for 3D-QSAR。 [J] 。J。 Chem。 Inf。 Model。 2013, 53：1486−1502]]来:自[优.尔]论,文-网www.youerw.com +QQ752018766-

通常使用经典的力场来计算不同的MIF或者有时使用基于知识的描述生成在氢键的情况下，这意味着已知的与力场相关的弱点被转移到MIFs。