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公平与效率的关系，从表面上看是相互矛盾、相互抵制的，为了强调公平，就得牺牲效率，而提高效率就必须要牺牲一定程度的公平，这是公平与效率之间的一种互为代价的替代关系。一方面，它要求实行所有社会成员都享有平等机制的原则，另一方面，又会产生分配上的不平等。
再从内在看，公平和效率其实是对立统一的辩证关系。效率是基础，只有医保基金得到合理利用和分配，才能更好地达到全民医保的理念，损害效率终将损害公平；反过来，要提高效率，合理利用卫生资源，就必须要有一个公平的社会环境，效率才能得到提高。[12]
当公平与效率不一致时，应实行二者的优化组合方式。从社会角度来看，公平应该优先，再以公平来不断促进效率的提高，这也正是社会保障制度设计的初衷和目的。也就是说，基本医疗保险制度能缓解由于市场机制自发运行而带来的不公平，促进市场机制更有效运行，使公平和效率保持一致。