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(1)提取废水
提取废水是经提取有用物质后的发酵液，所以有时也叫发酵废水。含大量未被利用的有机组分及其分解产物，为该类废水的主要污染源。另外，在发酵过程下由于工艺需要采取一些化工原料，废水中也含有一定的酸、碱和有机溶剂等。
(2)洗涤废水
洗涤废水来源于发酵罐的清洗、分离机的清洗及其它清洗工段和洗地面等，水质一定情况下与提取废水(发酵残液)相同，但是浓度低。
(3)其他废水
生物制药厂大多有冷却水排除。一般污染段浓度不大，可直接排除，但是最好回用。某些药厂还有酸、碱废水，经简单中和可以达到标排除。在生物制药废水中，文生素C生产废水有机污染也相当严重，综合废水的COD含量可以达到为8000～10000 mg/L，含甲醇、乙醇、甲酸、蛋白质、古龙酸、磷酸盐等物质，废水偏酸性。
1.1.2制药废水的组分及性质
制药工业废水属于较难处理的高浓度有机污水之一[2]，因药物产品不同、生产工艺不同而差异较大。此外，制药厂通常是采取间歇生产，产品的种类变化较大，造成了废水的水质、水量及污染物的种类变化较大。
生物制药废水中主要含菌丝体、残余营养物质、代谢产物和有机溶剂等，现在生物制药工艺主要用于生产抗生素。废水主要来自发酵滤液、提取的萃余液、蒸馏釜残液、吸附废液和导管废液等。废水的有机物浓度很高，COD可高达5000～20000mg/L，BOD可以达到2000～10000mg/L，SS浓度则可以达到到5000～23000mg/L，TN达到600～1000mg/L。废水中的菌丝体、代谢产物等物质属于高浓度有机物和有抑菌作用的抗生素物质，当抗生素浓度大于100mg/L时会抑制好氧菌的生物活性。
化学制药的主要生产工艺都是化学反应，原料复杂、反应步骤多造成产品转化率低而原料损失严重。这类废水中含有种类繁多的有毒有害化学物质，例如甾体类化合物、硝基类化合物、苯胺类化合物、哌嗪类和氟、汞、铬铜及有机溶剂乙醇、苯、氯仿、石油醚等有机物、金属和废酸碱等污染物。由于合成制药工业的原料比较复杂，一个制药企业的产品种类又往往并非一种，因此，合成制药企业的废水所含污染物情况更加复杂。中药生产的洗涤、煮药、提纯分离、蒸发浓缩、制剂等工序中所排出的废水包括清洗废水、分离水、蒸发冷凝水、药液流失水等。废水中主要是中药煎煮出的各类天然生物有机物，例如有机酸、蒽醌、木质素、生物碱、单宁、鞣质、蛋白质、糖类、淀粉等[4]。
1.1.3制药废水水质特征
生物制药废水一般成分复杂[1-2]，污染物浓度较高，含有大量有毒、有害物质、生物抑制物(包括一定浓度的抗生素)、难降解物质等，带有颜色和气，悬浮物含量高，易产生泡沫等。
(1) COD浓度较高
以抗生素废水为例，其中，主要为发醉残余基质及营养物、溶媒提取过程的萃余液、经溶媒回收后派出的蒸馏釜残液、离子交换过程下排出的吸附废液、水中不溶性抗生素的发酵滤液、染菌倒灌液等。
(2) SS浓度较高
其中，主要为发酵的残余培养基质和发酵产生的微生物丝菌体。例如庆大霉素SS为8000 mg/L上下，对厌氧EGSB工艺处理非常不利。
(3) 存在难生物降解物质和有抑菌作用的抗生素等
毒性物质相相对于抗生素类废水来说，由于发酵中抗生素得率低(0.1%～3%)、分离提取率仅为60%～70%，大多数废水中的抗生素残留浓度均较高。
(4) 硫酸盐浓度较高
例如链霉素废水中的硫酸盐含量为3000 mg/L上下，最高可以达到5500 mg/L；土霉素为2000 mg/L上下；庆大霉素为4000 mg/L。2.5水质成分复杂中间代谢产物、表面活性剂(破乳剂、消沫剂等)和提取分离中残留的高浓度酸、碱、有机溶剂等化工原料含量高。该类成分易引起pH波动大、色度高和气重等不利因素，影响厌氧反应器中甲烷菌正常的活动。
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