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代理理论对于投资—现金流的影响主要体现在两个方面，第一，管理者在进行投资时不一定会服从企业利益最大化的原则，他们或多或少会牺牲投资者的利益来确保自己的利益，这就使得投资者在回报率上加上一个风险溢价，这使得企业的融资成本增加；第二，企业管理者对于企业的情况较为了解，并且由于委托代理问题的存在使得他们不受投资者的监督，于是他们在投资的时候更倾向于内部融资。因此管理者有可能为了私利投资净现值为负的项目，导致社会经济资源的浪费。
2.2.3 自由现金流量假说
自由现金流量出现于上世纪80年代末期，其产生背景是80年初期美国石油工业投资项目的失败，当企业运营失败时，管理者倾向于将自由现金留在企业，投资于净现值为负或者较低的项目，而不愿意将这部分资金返还给股东。
为什么会出现以上现象？自由现金流量假说认为，管理者为了自己的职业安全，通过扩大公司规模的方式，不惜投资净现值为负的项目，以确保自己的职业安全。另外，如果将这些资金返还，将来再进行投资时，管理者将会对外举债，这样他们不仅需要负担利息费用，还要面对债券人的监督。于是管理者宁愿过度投资，也不愿意将自由现金流量还给股东。
自由现金流量假说的分析是基于委托代理理论的，它指出，企业在拥有大量现金流量时，管理者往往通过过度投资使自己的利息最大化，于是投资支出依赖于内部现金流。