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（三）内部审计范围受到限制
国家审计署规定的内部审计范围看，内部审计是对企业集团的经营管理活动、财务会计活动和内部控制制度的综合审计。目前我国内部审计只是在财务会计方面进行审计，内部审计只有财务方面的业务，使得内部审计归属于财务部门领导，使财务与审计之间界限不明、职责不清。
（四）企业内部审计机构设置不合理
通常情况下，企业的内部审计机构主要是由单位的总会计师或者主管财务的副总裁或者本单位的董事会领导的。内部审计机构由单位越高的领导层领导，那么他的独立性和完整性将会越能得到体现。一般来说，我国企业的内部审计机构的设置不是特别完善，其独立性得不到体现，这主要是由于我国的内部审计机构的设置主要是在国家的干预和领导下设置的。目前情况下，企业内部审计机构主要是由其他部门领导或者是与其他部门合并的，而不是单独设置的，例如从属于某办公室或者附属与一些部门，这就使其独立性得不到很好的体现。由于这种缺乏独立性的情况存在，致使企业的内部审计人员由于各方面利益或者权利的牵扯下难以开展有效的，独立的内部审计活动，所以，在这样的企业情况下，内部审计部门的作用就微乎其微了，甚至起不到任何的效果。此外，还有一些单位中甚至没有专门的内部审计机构。目前情况下，我国大多数企业都有专门负责纪律监察等事项的机构，这些机构一般都直接对企业最高层直接负责。在进行内部审计时都是这个纪律监察部门主要负责，协同各个部门进行审计工作。在进行审计工作时，被审计部门往往不会予以很好的配合，因为这个审计机构是临时成立而且不是企业的一个正式部门。在这样的条件下，临时内部审计部门往往因为其独立性不够明显而发挥不出应有的审计职能。企业内部审计机构要想完完全全的发挥其机构职能，那么它在企业中的地位一定要相对独立。
（五）内审人员的素质参差不齐
1.内部审计人员素质方面
在我国内部审计制度发展不完善，重视程度也不高，致使对于内部审计人才的培养一直不够，内部审计人才的数量不多，专业性也不强，使得专业的内部审计人才在我国供不应求。加之，内部审计的重要性在我国企业中还未体现出来，导致我国企业内部审计人员的人用专业性不强而且随意性太大，常见一些部门任意使用其他部门的人员兼职内部审计业务。
2.内部审计人员对自身的职责定位
目前，我国企业中的审计部门一般为国家强制设立的，对于内部审计部门的职责定位在很多企业中还不够明确，错误的以为内部审计部门的存在是为公司利益所依附，以公司利益为核心。这就使得内部审计人员在面对公司利益和国家利益时选择前者，只是片面的为公司利益考虑而背弃国家利益，甚至于违反国家法律法规。
3.内部审计人员自身利益的牵制
目前我国企业内部审计部门是企业在国家强制情况下勉强设立，工作内容随意，人员任免随意，甚至被认为是闲职，其部门人员多为单位离退休人员或是其他部门人员兼任，内部审计的独立性与权威性无法保证。在内部审计发现组织问题时，内部审计人员会被一些利益问题所束缚，包括：在企业的发展前景；薪酬问题；人脉问题；等等。而且，在企业中，内部审计部门的地位不高，待遇一般，致使在企业中有能力的人员不愿在内部审计部门，人才大量流失，员工工作热情不高，工作过程只是简单应付，内部审计人员工作态度不端正，审计业务也就只限于财务方面，对于发现的问题得过且过，导致内部审计的职能得不好很好的发挥。