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（二） 存储介质
手工会计环境下，企业的经济业务都记录在纸张上，由手工录入各种证、账、表。这些纸质原件的数据若被修改，则很容易辨别痕迹，并且每个工作环节都必须经过层层复核、道道把关。而在会计电算化下，会计人员只需录入原始的信息数据，其他程序则由计算机来完成。这种情况下会计信息的安全性大为降低，人们修改或删除数据变得更容易，并且可以做到不留痕迹。
（三） 内控制度范围
电算化会计系统比手工会计系统复杂得多，它的组成包括财会人员、计算机硬件设备和相应的各种应用程序组成的软件系统，系统的开发运行和文护还需要计算机专业人士的参与。企业会计内部控制的范围不再仅仅是人和制度，而是涉及到人员、制度、软件系统的开发和文护以及硬件设备的配置和选购等几个不同的范畴。在电算化条件下，企业的内部控制范围显然扩大了很多。
（四） 职责权限
手工方式的各种签字、盖章等方式，在电算化条件下，取而代之的是各种权限的控制，通过对不同的操作人员分配不同的操作权限，使具有相关权限的人员才能进入相应功能操作，否则不能进入。手工方式的账证核对、账账核对、账表核对的控制方式，代之更严密的输入控制，电算化方式对输入凭证的数据，可通过各种校验功能确保输入的正确。如录入日期时可采用界限校验；录入科目可用文件校验；录入金额可采用借贷平衡校验以及凭证类别可通过设置借、贷方必有或必无科目校验等，以确保凭证输入的正确性，只要凭证输入正确，便可保证帐证、账账和账表相符。
(五) 内部控制方式
电算化会计信息系统中，大部分处理由计算机自动完成，手工条件下的审查、复核等控制行为效果被削弱。电算化的内控制度由手工条件下的单一人工控制转为人工、计算机和网络的控制。