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1. 内部制度设置不到位
有些企业的管理结构非常简单，一人兼多岗的不在少数，一的想通过压缩部门人员数量达到节省成本支出，其结果适得其反，给企业带来很大的经营风险，例如会计和出纳为同一人，边记日记账边编制余额调节表，也缺乏审核人员对其进行日清月结审查；有些企业制度编制混乱，在一些环节设置多人反复审核，一些环节缺乏管理，导致资源重复浪费，没有有效合理配置资源，制度本身有瑕疵，执行的再好也是无用功。
2. 对内部控制的认识不足
财务内部控制首先应在符合相关法律条文规定下编制的，管理层应以书面形式编制，纸质形式保留，让企业全体人员都知晓有此制度。很多企业管理层人员却把自己一时所想强加与员工身上，对财务内部控制的重要性认识不足，今天讲一点要求，明天讲一点规定，没有成文也不规范，也没有及时通知全体员工，更有甚者每年一变企业管理制度，使企业的会计工作失去了该有的严肃性和刚性。
3. 财务系统不健全
随着科学技术的高速发展，传统记账方式已经淡化，更多的企业已经使用辅助财务软件来记账，例如金蝶，用友，SAP等，有些企业选用了相对较简单的记账软件，软件系统本身无法将企业业务活动反映到位，可能导致财务处理少计，错计，最终影响年末报表；有些企业每年都没有进行文护，升级财务软件的意识，财务软件未及时更新导致财务信息的遗漏或者没有及时文护，导致信息库缺失，无法按照法定规定对相关财务资料进行有效保存，致使存在很大的财务风险。
4. 相关监控力度不够
相关法律法规要求企业要有自我审核，内部审计以及外部审计来监控企业财务质量，大部分制造业都有相关的业务循环体系：销售与收款循环，采购与付款循环，生产与存货循环，货币资金流程，职工薪金循环等。虽然很多企业在相关循环设有相应的部门来执行，但监管人员本身素质不够，监控意识薄弱，没有有效起到监管作用，导致循环流转不顺，相关交接活动产生问题，甚至有些企业业务经办人员、财务人员、管理人员利用监控漏洞，大肆侵吞公款，利用虚假发票，虚假资料非法占有企业财产，给企业带来很大的损失。
5. 风险管理意识不强
企业内部没有专门的机构部门来对企业经营活动中面对的风险进行有效衡量和管理，甚至很多治理层、管理层都不将风险预测、管理当做一件很有必要的事情来对待，这会给企业带来很大的法律风险。更有甚者，为了一时的利润铤而走险，都是因为风险管理意识不强惹的祸。所以，当企业遭遇风险时产生的惊慌失措、束手无措或消极等待等现象也不足为奇了。
（二） 财务内控问题隐含的风险
所谓的风险，其实就是指产生的结果的不确定性或者是产生不利结果的不确定性。财务内部控制的缺失主要会导致以下几种风险：
1. 经营风险：
经营风险是指企业管理层、决策层在不合理战略目标驱使下错误制定经营决策后产生的风险或由于经营管理中的失误导致盈利能力变差、收益水平下降的可能性。在缺乏财务内部控制的情况下，项目投资决策的失误，未对投资项目作可行性分析，草率上马；没有建立合理预算制度，导致企业盈利水平没有保障。
2. 财务风险：
财务风险是指企业财务结构不合理，融资不当而导致投资者预算收益下降的风险。负债经营是现代企业应有的经营策略，通过负债经营可以弥补自有资本的不足，还可以用借来的资金实现盈利，利用财务杠杆使企业利润达到最大化。在缺乏财务内部控制的情况下，企业资产管理无法实时监控，未得到合理保管，使财务风险被放大。