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由此看来，“非公允性”已经成为我国上市公司关联方交易的一大特征，成为关联方交易的代名词，这已经违背了关联方交易产生之初的目的，严重破坏了我国证券市场的秩序，不利于证券市场的健康发展。因此必须进一步规范我国上市公司的关联交易行为，发挥关联交易的积极作用，保证其公允性。
4 我国上市公司关联方交易问题的原因分析
4.1 外部因素分析
4.1.1 相关的法律法规不健全
关联方交易作为上市公司一项重要的经济活动，尽管从其性质来讲，是属于中性经济范畴，但是综观中外各国证券欺诈案件，可以发现关联方交易在其中都扮演了重要角色。世界上其他国家除了在税法中对关联方交易进行立法外，在公司法、证券法中也均设立了若干制度以规范关联方交易，而我国的公司法、证券法对规范关联方交易的立法则明显不足。现行的《公司法》仅对董事、监事、经理的义务、董事抵触利益交易和董事、监事、经理的赔偿责任作了相应的规定。况且这些规定过于原则化，导致在实际执行过程中的不便，效果大打折扣。目前我国监管上市公司关联方交易的法律主要有财政部的《关联方披露准则》、证券监督管理部门的股票发行和交易有关的管理规定以及上海证券交易所和深圳证券交易所的有关规定。从这些管理规定中，我们可以发现监管关联方交易的法律地位比较低，难以对关联方和不法机构形成巨大威慑力。此外，目前的监管规范只是集中在对关联方交易的信息披露上，而没有相应的违规责任，完全依靠上市公司自律行为的监管，效力就会变得非常弱。在监管缺位的情况下，利用关联方交易进行利润操纵获得利益的成本和收益就会完全失衡。因此，便会有许多上市公司利用关联方交易来粉饰利润，最终侵害了中小股东的利益。从长远的发展来看，这必将扭曲整个证券市场优化资源配置的功能，降低整个社会资源使用的效率。
4.1.2 对违规行为的处罚力度不足
我国的《证券法》对违法的信息披露行为一般都采用行政处罚的方法解决，对违规上市公司处罚的直接经济后果是引起股价下跌，进一步加剧了受害的中小股东的损失，并且没有对受害的投资者给予经济补偿。此外，在实际操作过程中，在刑事和行政的处罚方面，执行力度远远不够。迄今为止，违反有关的规定而欺骗上市，甚至上市后还继续造假欺骗股民的上市公司，已经多次被揭露，但并没有全部按照《证券法》的有关规定给予处罚。由于处罚力度不足，造成了上市公司在关联方交易信息披露方面出现不披露或不完全披露，以隐瞒非公允关联方交易的事实。
4.1.3 相关的中介机构运作不规范
我国不少的相关中介机构在建立时往往是挂靠在某一行政或事业机构下，缺乏独立性。虽然现在已经脱钩分离，独立运作，但与原单位还是存在着千丝万缕的联系。此外，由于行业的竞争比较激烈，再加上自身素质不高，自我约束力不足，许多中介机构为了争取和保住一些客户，常常迎合上市公司，满足它们的不合理要求，为上市公司利用关联方交易转移利润的违法违规行为大开方便之门。
许多的上市公司在本期的经营业绩比较好的时候，就会通过关联方交易将本期利润转移到母公司或大股东处，将一部分本年利润隐藏，目的是防止以后年度经营业绩下滑对其产生不利影响，待以后年度上市公司经营业绩不佳时再从母公司转回来。
4.2 内部因素分析
4.2.1 公司治理结构不完善
公司治理结构是处理公司中的各种合约，协调和规范公司中各种利益主体之间关系的一种制度安排。其中，股权结构是公司治理结构的基础，在相当程度上起着决定性作用。然而，大部分上市公司名义上是公众公司，实际上却是控股股东的公司。“一股独大”是我国上市公司股权结构的显著特征，尤其是一些由国有企业改制而来的上市公司，由于改制过程中操作方面的不规范，造成了公司治理结构严重扭曲：董事会流于形式，股东大会的作用不能充分发挥，独立董事不独立，监事会形同虚设。因此，一旦控股股东的利益与中小股东的利益不一致，控股股东往往可以凭借其控股地位，无视公司整体和中小股东的利益，与上市公司发生有损于中小股东及其债权人利益的非公允关联方交易，侵占上市公司的巨额资金。近年来频频发生的大股东占用上市公司资金的案例就是一个很好的说明。