玉米（Zea mays）是全球广泛栽培的农作物。在现有粮食作物中，玉米占很大比重，其分布较广，播种面积仅次于小麦，平均产量却高于小麦。迄今，研究者已在玉米中鉴定出56种转录因子，共3376个成员[9]，而TIFY家族是其中的一大家族。本研究主要采用生物信息学方法对玉米TIFY基因进行系统鉴定，并分析其进化关系与表达模式，旨在为进一步研究玉米TIFY基因的结构及功能奠定基础。

2  材料与方法

2。1  玉米TIFY基因家族成员的鉴定论文网

首先从Pfam数据库（http://pfam。janelia。org）下载获得TIFY结构域一致性序列，利用BLAST工具在玉米基因组数据库（http://www。maizegdb。org/）中进行搜索比对，得到候选基因。随后在Pfam 数据库中对候选蛋白序列进行检索，若存在TIFY结构域，则将其作为家族成员。最后根据染色体顺序及基因位置排序、命名。利用Expasy protparam软件(http://web。expasy。org/protparam/)预测蛋白质氨基酸数目、等电点和分子量等信息，采用WoLF PSORT（http://www。genscript。com/psort/wolf_psort。html ）网站预测蛋白质亚细胞定位。

2。2  染色体分布与基因复制分析

根据得到的玉米TIFY基因染色体位置、转录方向及基因座位号等信息，利用MapChart工具绘制染色体分布图。通过检索植物基因组复制数据库（PGDD，http://chibba。agtec。uga。edu/duplication/index/locus）查找玉米TIFY基因片段复制事件。如果两个基因在染色体上相距很近，间隔不超过5个基因，则认为起源于串联重复事件。

2。3  系统进化分析

利用MEGA 7。0软件邻接法构建玉米TIFY蛋白系统发育树，bootstrap重抽样进行了1000次。

2。4  基因表达分析文献综述

利用ZmTIFY基因CDS（coding sequence）序列在NCBI EST数据库中检索获取基因的组织器官表达信息。取一致性（Identity）≥95%、长度≥160bp、E-value＜10-10的记录，作为匹配EST。对获得的EST记录按照组织器官进行分类、统计，从而获取基因表达信息。

3  结果与分析

3。1  玉米中的TIFY基因

利用TIFY结构域一致性序列在MaizeGDB中比对搜索，剔除不含完整TIFY结构域的蛋白序列，最终鉴定出玉米基因组中17个TIFY基因。根据基因在染色体上的位置系统命名为ZmTIFY1-ZmTIFY17，并将其基本信息列于表1。从表1可以看出，该家族基因外显子数目变化较大，从1-8个不等。蛋白质氨基酸数及分子量分析表明，ZmTIFY蛋白氨基酸数差异较大，最大的是ZmTIFY9，拥有426个氨基酸，最小的为ZmTIFY11，仅有110个氨基酸；只有ZmTIFY3、ZmTIFY9及ZmTIFY12三个蛋白分子量在10000道尔顿以下。等电点分析显示，玉米TIFY蛋白大多为碱性蛋白质。蛋白质亚细胞定位分析表明，ZmTIFY主要分布在叶绿体和细胞核中，线粒体及细胞质中也有少数分布。