利用RIO结构性一致性序列分别在水稻基因组注释数据库（Rice Genome Annotation Project, RGAP, http:// rice。plantbiology。msu。edu/ analyses_search_blast。shtml），玉米遗传学和基因组学数据库（MaizeGDB, http://www。maizegdb。org/）以及拟南芥信息资源数据库（TAIR, http://www。arabidopsis。org/）中进行比对搜索，获得的候选蛋白在Pfam（http://pfam。sanger。ac。uk/search）数据库中进行验证。若含有完整的RIO结构域，则认为其属于RIO家族。利用ProtParam软件（http://web。expasy。org/protparam/）预测蛋白质等电点和分子量，采用WoLF PSORT工具（http://wolfpsort。org/）预测蛋白质亚细胞定位。

2。2  染色体分布和基因复制分析

根据水稻、玉米和拟南芥RIO的座位信息，利用MapChart软件绘制染色体分布图。通过检索植物基因组复制数据库（PGDD, http://chibba。agtec。uga。edu/duplication/index/locus）查找水稻、玉米、拟南芥RIO基因的片段复制事件。

2。3  系统发育、基因结构和蛋白质保守序列分析

采用MEGA6。0软件邻接算法（neighbor-joining method）构建系统发育树，bootstrap重抽样进行1000次。利用基因结构展示服务器（GSDS，http://gsds。cbi。pku。edu。cn/）绘制基因结构示意图。采用MEME工具（http://meme。nbcr。net/meme/cgi-bin/meme。cgi）鉴定蛋白质保守基序。

2。4  基因表达模式分析

从NCBI Gene Expression Omnibus Database中下载水稻组织器官、植物激素及非生物胁迫处理下的芯片表达数据，利用R/Bioconductor程序对数据进行校正和归一化。玉米和拟南芥芯片表达数据从Plant Expression Database (http://www。plexdb。org/)下载。采用Cluster 3。0软件绘制基因表达热图。

2。5  基因共表达分析文献综述

利用Genevestigator (https://www。genevestigator。com/gv/)对水稻、玉米和拟南芥RIO基因进行共表达分析，采用Gene Ontology Enrichment Analysis Software Toolkit (http://omicslab。genetics。ac。cn/GOEAST/php/affymetrix。php?#step1_anchor)进行GO富集分析。

3  结果与分析

3。1  水稻、玉米和拟南芥中的RIO基因

利用RIO结构域一致性序列在基因组数据库中比对搜索，分别鉴定出水稻、玉米和拟南芥中2个、3个和3个RIO基因。基于与酵母和人类RIO的同源性，分别命名为，OsRIO1和OsRIO2，ZmRIO1-ZmRIO2β，AtRIO1α-AtRIO2（表1，图2）。这些基因的外显子数从12个到15个不等，表明它们均不是起源于逆转录转座事件。等电点分析显示，所有蛋白均为酸性蛋白。亚细胞定位预测表明，多数蛋白定位在细胞质和/或细胞核中，部分蛋白定位在叶绿体或内质网中