两种疫霉菌基因组中RxLR家族效应子基因的分析与比较(2)
卵菌中的RxLR家族效应子编码的蛋白具有典型的信号肽序列，能帮助病原菌进入寄主传毒，在比较基因组学的研究中被证明在疫霉的毒力表现中起到重要作用[5]；功能基因组学的研究表明很大一部分的RxLR效应子能抑制寄主免疫反应的产生[5]；操纵植物激素的信号传导是卵菌病原体的主要侵染策略，而信号通路是RxLR效应子的一个主要靶标[6]。且RxLR效应子家族在卵菌中分布十分广泛，因此对这个基因家族的基因进行研究是十分有必要的。
在系统分类上，大豆疫霉与瓜类疫霉同属于卵菌疫霉属clade7分支，是两个近缘种；由于RxLR效应子家族基因高度分化，在不同物种中很难找到保守的RxLR基因，而目前近缘的疫霉菌之间的RxLR基因尚未被进行系统的比较，本课题试图从疫霉属的两个近缘种着手尝试找出部分保守的RxLR基因。目前大豆疫霉的全基因组序列已测通，对其RxLR家族研究也已经进行了较长的时间并已取得了一定进展；瓜类疫霉的基因组则刚刚被实习所在的实验室测序，对RxLR效应子家族的研究尚未开始，因此本课题首先需要对瓜类疫霉RxLR家族的成员基因进行预测。
共线性分析是系统分析中的一种，在遗传学上指一个物种的基因组中相互连锁的基因，在另一物种的基因组中也是连锁关系，而且在两个物种的遗传图上的位置也是相似的；在进化过程中有一些基因始终保持着连锁关系，这对研究基因功能之间的相互关系提供了有用的线索。本课题中将尝试着通过研究两种疫霉菌RxLR家族成员基因之间的共线性来找出一些在这两个物种间比较保守的RxLR基因序列，从而能够将这个研究结果应用到未来对这些序列是否与疫霉菌的一些重要的功能有关的进一步的研究中。
2 材料与方法
2．1 序列来源
大豆疫霉（P. sojae）的基因组序列从JGI数据库（DOE Joint Genome Institute）获取，瓜类疫霉（P. melonis）的基因组序列由实习所在实验室测得，大豆疫霉RxLR效应子家族基因序列从Rays等发表的文献[7]获得。
2．2 生物信息学软件
2.2.1 SignalP 3.0
能够预测来自革兰氏阳性原核生物、革兰氏阴性原核生物、真核生物这些不同生物体的氨基酸序列中信号肽切割位点的存在和位置。预测方法是基于几个计算机人工神经
网络与隐马尔可夫模型的组合，能够进行切割位点和信号肽/非信号肽的预测。
2.2.2 TMHMM
对蛋白质中的跨膜结构域（跨膜螺旋）进行预测。预测结果能显示一个蛋白序列含
有几个跨膜结构域，分别开始与终止于第几个氨基酸，与膜结合时整个蛋白序列方向如何。
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