亚洲棉MMS21基因电子克隆和生物信息学分析(2)
1材料与方法
1.1网上数据库
棉花ESTs数据库Tigr(http://plantta.jcvi.org/)；
NCBI (National Center for Biotechnology Information,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)；
北京大学棉花转录因子数据库数据库（http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/）。
EXPASy：http：Ilwww．11s．expasy．ch(蛋白质数据库)；
http ：www．cbs．dtu．dk／ services／SignalP／ (信号肽预测)；
http：www．ch．embnet．org／software／tepre d -form ．html(跨膜结构预测 )；
http ：www．cbs．dm．dldservices(糖基化位预测 )；
http：／／wolfpsort．seq．cbrc．jp(S[ E 细胞定位预测 )；
http://www.cbs.dtu.dk/services/ProtFun预测MMS21编码蛋白的功能。
1.2实验方法
根据拟南芥等植物中已知MMS21核酸核苷酸和蛋白质氨基酸序列，通过生物信息学技术比对得亚洲棉MMS21基因的同源序列。用ProtParam对蛋白质进行基本特性分析；采用ProtScale在线软件，对基因所编码的氨基酸序列的疏水性/亲水性进行预测；利用SOPMA软件对蛋白质二级结构的组成形式进行分析；用TMHMM-2.0预测蛋白的跨膜结构域；在Expasy中利用SignaIP4.1 Server软件在线分析GaMMS21蛋白的信号肽；用NCBI的CDD对氨基酸序列进行蛋白质保守区分析；用PSORT进行亚细胞定位分析。
2结果
2.1亚洲棉MMS21基因的电子克隆结果
2.1.1亚洲棉基因组数据库获得同源序列1个>GaMMS21
以拟南芥AtMMS21为关键词在NCBI的Nucleotide中检索得到拟南芥的AtMMS21核苷酸序列和蛋白质序列，根据同源基因中存在保守序列的特性，用拟南芥AtMMS21基因序列为信息探针，对NCBI中EST数据库棉花（Gossypium hirstum）进行Tblastx同源性检索，没有找到合适的资源。接着利用BLAST软件，将拟南芥的AtMMS21核苷酸序列在亚洲棉基因组数据库获得一个同源序列>GaMMS21。用此序列再次在亚洲棉ESTs库中对比获的2个ESTs序列。并利用CAP3软件进行拼接，获得1条新生序列。
2.1.2亚洲棉ESTs数据库获得同源序列并进行拼接
用此序列再次在亚洲棉ESTs库中对比获的2个ESTs序列。并利用CAP3软进行拼接，获得1条新生序列
>GaMMS21
ATGGCGTCGACGTCGGCATCTCGGTCTGATGGCGTTTCTTCCAGAATCAGACGCGCGGCTTCCAATCTTAACTCTGACAATCAATTGCTTGTATCCGATATAAGGAAAGCTTTGAATTTGATGAAGGACATCGCTGTAGACTTGGAGAGAGATAATCAATCTGACATGGTGAAGCAGCTAGAAAATGCTGTTGCTGAGCTGGTAGAAGCTCATGAAAACTGTCTACATTATTCATCAGCAATTCATTCTGTTGCAGAGGCATACCGACCAGGGCCTGAGTTAACTGATTTTAAGAAGTTGCTTGACACCGAGTTTGAAAAAGTCAAAGCTGGTTCATCTTCACATCCACAGAATCATCCACTGATGCATCAGTTCCAGCAAGCTGTCTGGAACGTTCATCATGCTGGACAACCAATGCCAGGTGAAGAGCAGGAGGATATTATTATGACCAGTACAGAGAGCAGTATTAAGAATCTTAAATGTCCATTGACTGGAAAGCATATTACTGAACTAACAGAACCAGTTCGCAGCATGGACTGCAAGCACATTTACGAAAAGAATGCTATCCTGATCTACATAAAATCCCATCATAACAATGCCAAATGCCCTGAATCAGCTTGCCCTAAGATGGTGCATGCAAAAAGAGTTATTTGCGATCCATTGTTACTCGTTGAGATAGAGGAGCAACGCACATTGAGTAGACAGACTGCTAGAACTGATGTGGTAGAAGATTTCACAGAAATGGAGCCTCATGATGAAGATAGTACGTGA
>GaMMS21Pro
MASTSASRSDGVSSRIRRAASNLNSDNQLLVSDIRKALNLMKDIAVDLERDNQSDMVKQLENAVAELVEAHENCLHYSSAIHSVAEAYRPGPELTDFKKLLDTEFEKVKAGSSSHPQNHPLMHQFQQAVWNVHHAGQPMPGEEQEDIIMTSTESSIKNLKCPLTGKHITELTEPVRSMDCKHIYEKNAILIYIKSHHNNAKCPESACPKMVHAKRVICDPLLLVEIEEQRTLSRQTARTDVVEDFTEMEPHDEDST
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