2 材料与方法

2.1 序列检索和基因复制分析

从Pfam网站（http://pfam.xfam.org/）下载POP结构域的一致性序列，利用该序列在RGAP和NCBI数据库中进行比对搜索，挑选E≤10-10的序列作为候选蛋白。再利用Pfam网站预测这些候选蛋白的POP结构域，若存在POP结构域，则认为该候选蛋白属于POP家族，若未能检测出POP结构域，则认为其不属于该家族。从RGAP中下载每一条记录的基因序列和蛋白质序列，获得每一条记录的外显子数、蛋白质氨基酸数、转录方向等信息。并且从KOME（http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/）网站中获取其cDNA获取号，利用ProtParam（http://web.expasy.org/protparam/）工具预测蛋白质等电点。

OsPOP基因在染色体上的位置图通过MapChart软件绘制并手工编辑。通过检索Plant Genome Duplication Database (PGDD, http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/index/locus)查找OsPOP基因的片段复制事件；如果两个基因在染色体位置上相距很近，间隔不超过5个基因，则认为起源于串联重复事件。