提取DNA的具体方法是:
(1)首先分别在1。5 mL离心管中加入30μL的Buffer ATL,接着用毛笔尖挑取一只雌性成螨置于离心管的Buffer ATL溶液中,每管保证只有一头雌螨。用一次性研磨棒进行充分研磨,再向其中加入150μL Buffer ATL,加入时同时注意冲洗研磨棒;
(2)随后向每管中分别加入20μL的蛋白酶K,并且充分震荡离心,于56℃水浴中孵育3小时,直到叶螨的可见组织完全被消解。
(3)首先涡旋混匀15s,再向其中分别加入200μL的Buffer AL后,再次涡旋充分混匀离心。值得注意的事,如果在此过程中看到沉淀,则需要放入56℃水浴中进行加热,大约在10分钟左右沉淀即能消失。随后加入200μL的100%无水乙醇后,再次充分涡旋离心。
(4)将所得的混合液全部转移至装有Dneasy过滤柱的洁净的2mL收集管中,在离心机中以13000g转速离心1min,离心完毕后弃滤液以及收集管。
(5)将过滤柱放入新的收集管中,随后向柱中加入Buffer AW1 500μL, 在离心机中离心1min以13000g的转速,随后弃滤液和收集管。
(6)将过滤柱继续放入新的收集管中,往柱中加入Buffer AW2 500μL, 在离心机中离心3min以20000g转速,随后弃滤液和收集管。
(7)最后,把过滤柱置入新的1。5mL离心管中,分别加入去离子水各100μL,室温等待2~3分钟后在离心机中离心1min,以13000g的转速,过滤后即为所需要的叶螨DNA,于-20℃下保存备用或者直接进行PCR。
1。4 mtDNA-cytb与wsp基因的扩增及测序
通过Wolbachia上的wsp基因扩增来对样本中的Wolbachia进行检测。
上游引物:TGGTCCAATAAGTGATGAAGAAAC
下游引物:来;自]优Y尔E论L文W网www.youerw.com +QQ752018766-ATTAAACGCTTACTCCA
扩增反应体系:20μL
表1 wsp基因扩增体系成分表
组分 体积(μL)
ddH2O 7。9
Mix 10
上游引物(25μmol/L) 0。3
下游引物(25μmol/L)
DNA模板 0。3
1。5
扩增条件为:
95℃ 2min
95℃ 30s
54℃ 30s
72℃ 45s
72℃ 10min
12℃ ∞ (阳性对照为Wolbachia溶液,阴性对照为水。)
设计引物对mtDNA-cytb进行扩增及测序
上游引物:ATAACTATAACATCAGCTTTTATAGG
下游引物:TAAAGTTATAACT来;自]优Y尔E论L文W网www.youerw.com +QQ752018766-TTATAATTAATCC
扩增反应体系:25μL
表2 mtDNA-cytb扩增体系成分表
组分 体积(μL)
ddH2O 10。5
10×buffer 12。5
E(5U/μL) 0。5
上游引物(25μmol/L) 0。25
上游引物(25μmol/L) 0。25
DNA模板 1
扩增条件为:
94℃ 1min
98℃ 10s
55℃ 15s
68℃ 1min
68℃ 10min
12℃ ∞
在得到扩增产物之后,通过琼脂糖凝胶电泳对其进行质量检测,步骤是:
取出之前得到的PCR扩增产物5μL,在2。0%(g/ml)的琼脂糖凝胶上进行电泳检测。电泳检测使用的缓冲液是1×TAE,整个电泳过程中,电压为130V,在电泳20分钟后通过Bio-Rad Gel Doc EQ的凝胶成像系统对电泳结果进行观察并拍照记录。