2006年,Randic等人[13]用单位圆来代替Jeffrey[21]的CGR中的单位正方形,将20种氨基酸按字母表顺序排放在单位圆圆周的20等分点处,如图2-7所示。作图规则与Jeffrey的CGR的构造规则相同:依次考察组成蛋白质序列的氨基酸,从圆心出发,遇到哪种氨基酸就向着圆周上代表这种氨基酸的点移动,移动的距离为当前点与圆周上相应点距离的一半,直到蛋白质序列上所有的氨基酸都被表示成点,最后,将相邻两点连线就得到了蛋白质序列的图形表示。但是,这种图形表示仍然存在如何选择氨基酸的排列顺序问题:20种氨基酸在圆周上的排列方式有 种。
图2-6:单位圆周上按字母表顺序排列的20种氨基酸
Fig.2-6:The unit circle on which are distributed 20 amino acids based on alphabetical order of three letter protein code
2.3 数值刻画