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在国内也有相关研究，2006年梁颖[26]等人建立了液质连用技术同时测定小麦粉中ZEA、DON和NIV的检测方法，检出限分别在5、10、12ng/g；2010年应永飞等人[27]采用液相色谱-串联质谱法建立饲料中14种霉菌毒素及其类似物，检出限为0.1-0.8μg/kg；2012年张利强[28]等人采用液相色谱-串联质谱建立了小麦中T-2、ZEN和DON的测定方法。80％乙腈-水提取样品后离心，进行氨基柱(500 mg，6 mL)杂质吸附模式净化，以5mmol/L乙酸铵溶液和甲醇为流动相二元梯度洗脱，ZORBAX Extend-C18柱(150mm×2.1mm，1.8μm)进行色谱分离，离子源为电喷雾，采用多反应监测方式测定，相关系数良好，加标回收实验中T-2、ZEN和DON的回收率分别为86％-94％、80％-101％和81％-105％。
Zheng Han等人[29]建立的中药中35种真菌毒素的高效液相色谱串联质谱方法进行镰刀菌毒素的测定。其放弃传统的提取方法，采用加速溶剂萃取法（ASE）提取样品中的真菌毒素。对高效液相色谱，质谱，加速溶剂萃取法，净化柱等进行了条件优化，进行了基质干扰评价和方法学验证。同时对已有的质控样品对方法进行准确性验证，所有结果均在满意区间之内，且接近理论值。