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第二，薪级工资差距不合理，欠缺考虑资历和经历因素[3]。一是专业技术人员与管理人员之间的薪酬差距不合理，无法体现出技术人员技术水平所应有的回报；二是高级职称薪资定位较低，相较于中级职称仅高出8.6%，而中级职称则比初级职称高出51.9%之多；三是编内编外人员差距过大，编外人员的薪酬过低[9]。
公立医院系统在分配上长期以来形成的“大锅饭”意识和官本位的分配理论是公立医院在薪酬分配改革方面遇到的最大的一项障碍[3]。虽然薪级工资是根据医生的资历和学历等进行分级的，但是在现实操作过程中还是没有完全将其纳入薪酬设计的考虑因素之中关于公立医院编制问题也是公立医院在薪酬改革方面的一大难题，公立医院的编外人员不仅在经济性报酬方面比编内人员要低很多而且编外人员不受重视、缺少进修机会、无法正常升迁等限制都打击了编外职工的工作积极性。
第三，政府投入不足，迫使医院“创收”，造成公立医院公益性不足[2]。有数据显示，在2009年公立医院总收入中，业务收入占总收入比例高达91.2%，而财政补贴收入仅占8.5%[4]。公立医院与一般企业、私立医院最根本的区别就是公立医院的公益性和非营利性，而我国的公立医院现在由于政府投入的不足在逐渐从非营利性向营利性转变。
第四，绩效考核制度的“变”，过度关注医生的创收能力[5]。根据现行薪酬制度的要求，基本工资执行国家统一的工资政策和标准，但是在实际的操作过程中，大多数的公立医院更倾向于将医生的收入与工作量、创收能力直接挂钩，再分配过程中忽视了风险、责任、管理、专业技能、服务质量等要素[17][18]。虽然在薪酬分配中将业务收入作为核心指标进行操作，使医生误将工作量与业务收入混为一谈，但是有调查显示大部分医生反映绩效考核与薪酬没有关联，也认为薪酬不能够充分反映工作的绩效。所以我国公立医院医生薪酬制度中的绩效考核部分还有待完善。
2、 实行年薪制的必要性
（1） 医生的职业特点
首先，前期投入巨大。按照我国的临床医生培养要求，从进入医学院校进行学习到能够独当一面，一名医学生的培养时间大约在八到十年左右[3]。这不仅仅是教育成本高，同时也要求医学生有较多时间和精力的投入，而且医疗技术具有终生学习的特点。因此，医生的培养周期远远长于一般人员，据调查显示医生的平均受教育年限几乎是全国就业人员平均受教育年限的二倍。
其次，医生所承担的责任、压力和风险大。长期在高就业压力的情况下工作容易产生职业倦怠感，甚至导致情感障碍和身心疾病。现在的媒体还在恶意炒作医生的行为使得医患关系更加紧张，进一步增加了医生的精神压力。
（2） 选择年薪制的理由
虽然年薪制是由于企业为了获得更多地收益而形成的，适用于企业管理层员工的一种薪酬激励制度，将其运用于医生行业可能会出现由于绩效考核指标过度刺激医生工作积极性而造成患的过度消费等状况，但是结合我国现行医生薪酬制度的问题和医生的职业特点，我们选择年薪制来代替现行的薪酬制度的理由如下：
第一，一定程度上提高了医生的年收入，给前期高投入以一定的经济回报；
第二，将医生的绩效考核结果真正地与薪酬挂钩，实行有付出有回报的原则；
第三，高风险应有高回报，绩效薪酬就是对医生高风险、强压力工作环境的经济性回报；
第四，医生绩效工资资金大部分将会由政府来出资，使公立医院恢复其公益性和非营利性；