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1.3.2 分子的叠合
利用SYBYL-X软件提供的Align Database对训练集和测试集中化合物进行分子叠合，这是基于公共骨架的叠合，叠合完毕后将数据库表格刷新。
1.3.3 建立模型、回归分析以及模型分析
分别对训练集中的化合物进行CoMFA和CoMSIA计算，进行回归分析，根据交叉验证系数及相关系数的数值开始对化合物的构象进行调整、优化，直至交叉验证系数大于0.500，相关系数大于0.900小于等于1.000。利用训练集所得模型对测试集进行预测活性计算，得到模型结果进行分析。
1.3.4 分子对接及结果分析
在PDB库中下载相应的受体蛋白分子，利用SYBYL-X软件进行相应的前处理，选取柔性残基，然后指定待配体进行对接，得到Surflex-Dock对接结果并查看分子得分。