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在“兼容并包”这一思想中，所要表达的是我们在面对各种学术观点和学术派别的时候，要平等地对待，更要让其自由发展，只要“言之成理，择之有故，尚不达自然淘汰之运命”。 其次，之所以要将思想自由与兼容并包并于一体来进行阐述，是因为二者相辅相成，互为因果。具体来说，思想自由发展，会产生不同的学术见解和派别，而蔡先生“兼容并包”的办学思想在当时的时代背景下，正是会让学术呈现异彩纷呈状态的一个前提，也正是这一思想的提出，让学术自由发展。最后，大学教育的性质也使思想自由和兼容并包必须成为办学的指导思想。大学要成为“囊括大典，网罗众家之学府”，就必须要包容各家学术派别自由发展，这也就是蔡元培先生说的“大学所以为大也”。
（二）“兼容并包”办学思想指导下的大学教育
就“兼容并包”办学思想指导下的大学教育而言，主要有以下几个方面：
1，“兼容并包”办学思想中对待外来文化，要求吸收先进文化的同时，继承我国优良的传统文化。
尤其是大学教育，作为高等教育学府，其教学内容更要做到吸取“世界的科学取得最新的成就”。而在之后对北大的教学改革中，他也的确是这么做的。为了使我国的学术教育水平尽快赶上西方先进国家，他积极改革，使得北大在之后的学术氛围中广泛的接触到国外的思想，并做到积极与这些思想进行学习与交流。他说：“吾人为集思广益起见，对于各友邦之文化，无不欢迎。以国体相同，而对于共和先进国之文化，尤所欢迎；以思想之自由，交学美术之优秀，彼此互相接近，而对共和先进国中之法兰西，更绝对的欢迎”。 这也反映出，蔡先生对待外来文化是一种非常开放的态度，也是的他在北大的改革中，对新文化、新思想持包容态度，并鼓励学生广泛的接触西方先进的思想与文化。尤其他在课程改革中能够体现，文科方面，积极提倡本国近世文学，以及世界新文学；理科方面，就像之前说的吸取“世界的科学取得最新的成就”，北大的理科教材更是多采用世界各国的最新科学研究成果，比如物理系的《近代物理》课程，内容大都选用居里夫人在巴黎讲授的最新材料，而且蔡元培还积极推动国外的著名科学家、思想家、教育家来华进行思想交流，比如他曾在赴美考察时亲自邀请居里夫人和爱因斯坦到北大讲学，只是后来因故未能实现，等等。