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2、国税的事，与地税无关
在我国的财政体制中，增值税主要由国税局征收，营业税主要为地方税务机关征收。营改增之后，将由国税局进行统一负责征收，收入仍归地方所有。税务总局对国税局和地税局的配合工作做出明确指示，要求按时完成征收资料和数据的交接工作。
3、所有增值税进项额可抵扣
进项税额的抵扣可降低企业成本，但却并非所有增值税进项税额都可以全额抵扣，是否可以抵扣要根据具体情况决定。比如小规模纳税人是实行征收率，不得抵扣进项税额；用于非增值税、免征增值税、集体福利或个人消费的购进货物或者应税劳务，则没有进项税额；发生非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务已作为进项税额抵扣的还应进行进项税额转出；扣税凭证不符合法律规定的同样不得抵扣。
（三）“营改增”试点改革中存在的问题
1、税率档次设计较多，税制设置不合理
现行服务业营改增的试点方案规定，小规模纳税人统一按3%的征收率计征；一般纳税人目前有17%、13%、11%和6%共四档税率；除此之外，还有针对特定纳税人的优惠税率。这样就使得增值税的税率多档化，日益尽显税制设置的不合理之处。多档税率的设计，再加上企业自身发展情况的不同，抵扣程度的不一，导致税负差别大，更加破坏了税收公平。同时，多档税率也导致了一些混合性服务行业税率难以明确界定，增大了税收管理难度，不符合开征增值税的初衷。
2、一般纳税人销售额标准设置过高
依照营改增改革政策规定，以500万元销售额作为分界线去区别一般纳税人和小规模纳税人，一般纳税人的界定标准包括年应征增值税销售额和会计核算是否健全两方面。这种过高的划分标准，使得较多的企业被划分为只征收3%征收率的小规模纳税人，小规模纳税人不能参与增值税的抵扣链，导致增值税抵扣链中断，抵扣不彻底，增值税的作用根本得不到发挥，也离实施增值税的初衷愈行愈远。作为一般纳税人的企业，出于降低成本的目的一般都会优先购买可以实现抵扣进项税额的产品和劳务，就不太愿意购买小规模纳税人提供的产品和劳务，增值税抵扣链的中断阻碍了他们之间的经济往来，从而影响整个现代服务业的发展。
3、税负加重，部分服务行业价格上涨
首先，增值税税额的轻重取决于可用于进项抵扣的项目，而现代服务业中的原材料和物资设备投入较少，人工成本占较大比重，目前尚无法抵扣的人工成本反而加重了税负。其次，由于企业自身财务系统的设置以及税务管理部门的效率等因素，使得部分行业获取增值税专用发票存在障碍，进项抵扣不充分便会加重税负。由于增值税的最终承担者是消费者，当税负的加重，例如咨询服务等行业，很有可能将税负转嫁给消费者，从而导致部分服务行业价格的上涨。
4、特殊服务行业的扩围难点突出
自我国实行营改增之后，将增值税从制造业扩围到服务业，但目前尚未纳入征收范围的特殊行业（金融业、建筑业、公共服务业）扩大范围的难点日益突出。作为世界各地区增值税改革难点行业的金融业，由于其增值额难以准确核算，加上衍生金融产品的不断创新，跨国金融化要素的流通，更是复杂了增值额的计算，扩围的难点需要在整体规划下逐步化解。建筑业是典型的劳动密集型产业，人工成本占较大比重却无法抵扣，将会增加运营成本，再加上建筑业和房产业的联系紧密，只有将其同时纳入征收范围，消除两个产业之间的障碍，才能促进行业健康发展。基于社会公平和公共服务机构运行机制的特殊性考虑，对于公共服务部门如学校、养老机构、医院等采用了免征增值税的税收优惠。虽然名义上减免了税款，实际上却承担了购进不可抵扣的增值税，抵扣链条的中断造成了营改增扩大征收范围的障碍。