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5、税收归属问题，中央与地方的财政体制问题
长期以来，在我国分税制财政体系中，营业税是地方政府收入的主要来源，是地方经济发展的有力财政支持，约占地方税收的1/3。增值税隶属中央主体税种，虽然中央和地方以75:25的比例分成，但通过增值税的抵扣链条，层层抵扣，地税部门的实际业务量和税收收入会锐减，影响了地方的财政收入，就会弱化地方政府提供公共服务的能力。在税收征管方面，“营改增”后的增值税由国税局征管，但收入归地方，出现了税收征收和归属不匹配，出现了“一税两制”的局面。 归结到最后，营改增影响的不仅仅是税收体制的全局稳定，更牵涉到中央和地方各自的利益分享。
五、完善现代服务业“营改增”的建议及措施
（一）完善现代服务业“营改增”建议
1、减少税率级次，完善税制设计
理论上服务业增值税顺应税收发展趋势应实行单一税制，但由于我国仍属于中低收入国家，营改增扩围不可一蹴而就，目前条件很难适应单一税率。实践证明税率级次过多，反而破坏了税收公平，根据税收中性原则，不宜过多使用税收减免政策，取消相关减免条例，完善税制设计，使得增值税建立在一个稳定的税负基础，服务行业的税率统一才能指日可待。
2、降低一般纳税人的界定标准
为促进整个现代服务行业结构的健康转变和良性发展，保证增值税抵扣链条的延伸、营改增改革范围的扩大，建议一般纳税人的年应征增值税销售额标准从规定的500万元降低至100万元，将更多的企业纳入一般纳税人的范围，鼓励小规模纳税人向一般纳税人的转变，壮大一般纳税人的队伍，完善增值税抵扣链条。
3、扩大营改增范围，促进全行业改革
在“营改增”改革在全国开展的背景下，解决营改增实施以来存在问题的一个重要举措便是扩大范围，将各行业纳入营改增改革范围。李克强总理在《政府工作报告》中提出，从今年5月1日起，将建筑业、房地产业、金融业、生活服务业纳入营改增试点范围，全面推进，实现增值税“道道征税，层层抵扣”的目的，全面打通抵扣链条，促进增值税抵扣链条的完整运行。
4、扩大进项税额抵扣范围，完善抵扣制度
合理扩大进项税额的抵扣范围，完善进项税抵扣制度，必须充分考虑到现代服务业的发展特点，目前对于大量的服务性企业来说，大量的经营活动更多是依靠人力资本、无形资产的消耗，如果这些成本的进项税额不能进行抵扣，营改增就是税负的加重，因此必须尽快将人力资本、无形资产等纳入进项税额的抵扣范围，实现增值税的彻底转型，从而推进营改增改革的全面发展。
（二）完善现代服务业“营改增”的措施
1、协调好中央与地方财政关系
随着营改增的推进，全面推开营改增改革也拉开了帷幕，这意着营业税将会随之退出历史舞台。而营业税目前作为地方主体税种之一，就算目前征收的增值税仍按中央与地方75:25的分享比例，也不可避免地在很大程度影响了地方政府收入。中央与地方的财政关系可以通过重新划分分享比例来协调。新的分享比例必须整体规划，全局考虑，中央政府对宏观经济的绝对控制权和各级地方具体的经济情况都要进行权衡。
2、重建地方税制体系
营业税改征增值税之后，地税部门工作量锐减，税收收入大幅下降，主体税种缺失，征管权限缩小，导致地方政府出现了财政收入不足的窘境。对此应加大力度寻找解决方案，降低地方政府财政不足所带来的不利影响，逐一比较我国现行税种，如房产税、消费税、资源税等，系统全面分析其所带来的经济效应，尽快确定好地方的主体税，通过构建地方税制体系，完善地方财力与事权相匹配的分税制。