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由于我国设立民办教育营利性没有实现有法可依，模棱两可的“合理回报”政策也没有及时出台相关配套的管理办法和实施细则，我国现阶段民办教育存在产权界定不清、审批和管理机制混乱等严重问题。民办学校一般得不到财政经费的支持，也不能获得盈利，使投资者想要通过投资教育以获得利润的想法难以落实。而民办教育想要持续长足发展就需要民间资本源源不断的投入，这种单方面的无期限资金投入让许多办学者最终无奈撤资或终止办学。一些民办学校迫于发展压力，钻法律的空子，顶着非营利的旗号，实质暗地里搞营利活动，甚至非法办学，东窗事发后教育机构的社会声誉严重受损，也使整个民办教育体制陷入尴尬的困境。
2.政府对民办教育实施的管理体制不健全
如前所述，我国法律对营利性民办教育的合法性认同存在前后冲突，对于非营利性民办教育的“合理回报”政策也缺乏详细的实施细则，这使得许多营利性民办教育机构在经济分析其投入和产出的基础上，以一切手段争取最大的经济效益，从而卷入教育市场的恶性竞争，最终导致公益性与营利性的失衡。
另外，管理部门之间缺乏通力合作、法制和管理办法的不完善导致我国民办教育的审批制度的不健全，大量办学资质不全的民办教育机构在各审批部门和监管部门之间斡旋，企图非法办学、非法营利；而另一些具有合法办学资质的民办教育机构又因政策的不完善，在很多方面得不到应当与公立机构共享的实质奖励和扶持。非营利性民办教育的长足发展需要公共财政的有力支持，但现今我国在民办教育机构的性质界定方面一直模糊不清，现实中非营利性民办教育机构很难得到财政经费。
对民办教育机构到底是公益性占主导的公共性事业还是营利性占主导的营利性企业，多年来一直争论不休，政策导向的滞后导致民办教育机构的产权和所有权界定不清，产权界定的不明晰也直接导致实际操作中投资者和管理者之间的权责不分，降低民办教育的办学效率和办学质量。
3.政策导向使群众对民办教育产生传统偏见
群众的许多观点和价值观念都是受到国家政策的影响的，民办教育是我国社会主义教育事业的重要组成部分，国家对民办教育的政策导向与其发展前景密不可分，可现实中，教育政策却没有给民办教育充分有效的引导和鼓励，导致公众对民办教育的认可度不高，很多人至今存在着民办教育是公办教育的补充，民办教育机构的办学质量不如公办教育机构等传统偏见。不可否认现有国家政策对民办教育存在不公平待遇，关于鼓励民办教育出台的许多大政方针都是一概而论的笼统规定，没有切实可依的具体实施细则，导致民办教育很多方面的发展都受到限制。政府的政策没有向民办教育倾斜，教育资源和优惠政策也都大部分倾向于公办教育，这些政策上的此消彼长趋势也导致了民办教育发展滞后于公办教育。
由于民办教育机构得不到政府的财政补助，政府也一直没有出台其他的“经济补贴”或“政策优惠”，不可营利的办学性质又令民办教育机构融资困难，为了学校机构的发展，办学者只能将办学成本分摊至学费中，致使民办教育机构学费高于一般公立学校。一些出色的民办教育机构的教学质量往往与学费成正比，导致很多工薪阶层家庭对高质量的民办教育只能望而却步。而另一些民办教育机构中，高昂的学费却不能保证优秀的教学质量，这种投入与收益的不平等以及民办教育机构教学水平的不稳定性，也让许多家长最终投向教学质量相对有保障的公办教育。教学质量良莠不齐，师资力量得不到保障，这些“硬伤”都使民办教育的发展陷入了尴尬境地。