摘要：MADS是一类对植物的生长发育代谢调控起着重要作用的转录因子。拟南芥具有基因组小、基因高度纯合等优点，是作为遗传研究的优良模式生物之一。本文采用生物信息学方法，结合ClustalW程序 、WebLogo程序、Mega5软件、MEME程序、TreeView软件，对拟南芥MADS转录因子基因家族进行分析及表达研究。我们利用TFDB数据库下载相关物种的MADS转录因子超家族序列；利用WebLogo程序对MADS蛋白结构域在拟南芥中作出保守性分析；利用Mega5软件对拟南芥、高粱、水稻、短柄草进行进化情况分析；利用MEME程序对拟南芥MADS保守结构域进行分析。研究表明：MADS基因具有高度保守的结构域以及同源性较高的基因结构。94538

毕业论文关键词：拟南芥，MADS基因家族，转录因子，生物信息学

Abstract: MADS is a kind of transcription factors which plays an important role in plant growth and development of metabolic regulation。 Arabidopsis thaliana has the advantages of small genome, gene highly coincidence, as one of the fine pattern of biological genetic research。 In this paper, by bioinformatics method, combining with ClustalW program, WebLogo, Mega5 software, MEME, TreeView software program, to arabidopsis thaliana by MADS transcription factor gene family and express the research for analysis。We use the TFDB database to download the MADS transcriptional superfamily sequence of the related species, using the WebLogo programto make conservative analysis of the MADS protein domain in arabidopsis, using Mega5 software to analyze the evolution of arabidopsis, sorghum, rice, and short stalk grass,using the MEMR program to analyze the conservative structural domain of arabidopsis MADS。 Studies have shown that the MADS gene has highly conservative structural domains and highly homogenous genetic structures。

Keyword: Arabidopsis thaliana, MADS gene families, transcription factor, bioinformatics

目   录

1  引言 4

1。1  转录因子概念 4

1。2  MADS转录因子的结构特征 5

1。3  MADS转录因子的起源与进化 5

1。4  MADS转录因子家族的研究进展 5

2  材料与方法 5

2。1  植物MADS转录因子的分类与鉴定 5

2。2  拟南芥MADS转录蛋白进化树的构建 7

2。3  拟南芥MADS转录因子基因家族的在线分析 7

3  结果与分析 7

3。1  拟南芥MADS家族转录因子的鉴定 7

3。2  MADS转录因子家族基因的进化分析 9

3。3  拟南芥MADS基因的预测基序分析 10

3。4  拟南芥MADS基因的组织表达分析 12

结论 17

1  引言

拟南芥是属于双子叶植物纲，被子植物门的一种植物。 二年生草本，在我国内蒙、新疆、陕西、甘肃、西藏、山东、江苏、安徽、湖北、四川、云南等省区均有发现。其中植株小、结子多是拟南芥植物的两大优点。并且拟南芥的基因组是目前已知植物基因组中最小的。其次拟南芥还是基因高度纯合，自花受粉的植物，用理化因素处理的话，它的突变率很高，因此容易获得各种代谢功能的缺陷型。