2。2  拟南芥MADS转录蛋白进化树的构建

2。2。1  拟南芥MADS蛋白序列的比对

对于拟南芥MADS全长蛋白的多序列比对，我们运用WebLogo程序对拟南芥MADS蛋白家族特定保守区域氨基酸的保守性进行分析[20]。对于所获得的MADS蛋白质组，我们将每一个蛋白质对其进行比对，比较与其它蛋白质序列的区别。与唯一所获得的蛋白质不同的是其它由基因复制所得的蛋白质，也可以提示出MADS类蛋白质的家族数目，如果我们要分析某个蛋白质的域容量，就可以上述所得结果为参考依据。

2。2。2  拟南芥MADS蛋白系统发生的进化树构建

    我们利用Mega5(http://www。megasoftware。net/)[21]软件来构建和分析拟南芥MADS蛋白系统的进化树。我们运用邻接法对MADS蛋白的保守区域（Neighbor-Joining Method，NJ）来建构其系统进化树，这一过程是在ClustalW软件的Bootstrap中执行，在改程序中设置Bootstrap值为1000。

2。3  拟南芥MADS转录因子基因家族的在线分析文献综述

在预测拟南芥MADS基因以及结构域中的保守基序以及对拟南芥MADS转录因子家族基因的DNA或蛋白质序列进行在线分析时[21]，我们使用的是MEME程(Multiple EM for Motif Elicitation)序。在运用MEME程序的时候，所要设置的参数是：(1) 基序重复数量：any；(2) 基序长度：6~60；(3) 预测基序数量：25。

3  结果与分析

3。1  拟南芥MADS家族转录因子的鉴定

我们从植物TFDB数据库中下载我们拟南芥的MADS转录因子超家族序列(http://planttfdb。cbi。edu。cn/) [16]，得到了拟南芥的基因序列以后就开始对这些具有MADS转录因子的结构域进行鉴定。首先，我们利用Blastp程序在所有的植物基因中筛选出具有MADS基因的部分，其次，会在Pfam (http://pfam。sanger。 ac。uk/)[17, 18]的数据库中检索出拟南芥MADS基因家族特征性蛋白结构域。然后，在SMART(http://smart。embl-heidelberg。de/)[19]的在线程序中，保留那些不含拟南芥MADS基因的蛋白结构域。最后，我们直接在拟南芥的基因组网站中下载的已经注释好的拟南芥的全部基因序列，从而可以获取拟南芥的42个MADS转录因子。在获取到的拟南芥的42个MADS转录因子中我们会列举出它的基因号、染色体位置、蛋白大小、分子量、等电点等信息。如下图的表格1就是我们所展示的MADS转录因子家族在拟南芥中的基本信息。而图1是利用WebLogo程序作出的对拟南芥MADS转录因子作出的保守性分析，例如图中所示第3号、33号氨基酸在这些序列中保守性较强。