鹅ARHGAP21基因上SNP位点与产蛋性能的相关性研究(2)
在现有的研究中，Rho GTPase激活蛋白21基因(Rho GTPase activating protein-21，ARHGAP21)能够参与调控真核细胞动物机体细胞周期中诸如肌动蛋白细胞骨架重构、细胞黏附、细胞迁移[5]、细胞增殖、细胞运动转录激活等多种重要的生命活动。Rho GTPase蛋白水平变化所引发的异常Rho信号可以使细胞骨架重组，从而使细胞迁移[6,7]，有报道显示Rho GTPase与细胞凋亡和巨噬细胞吞噬凋亡小体过程中的细胞骨架重组密切相关[8]，还有研究表明它与肿瘤疾病掩护中与肿瘤细胞的增殖、迁移密切相关[9]，Rho蛋白能够增加MMPS的活性使其降解细胞外基质的能力得到增强，从而Rho蛋白可以促进基质降解，促进肿瘤的转移[10]。但这些研究都是对于小鼠和人的研究，而在鹅上对此研究还比较少，已有研究表明ARHGAP21上有可能的SNP位点对于鹅的产蛋性能有影响，因此，本课题取产蛋量高低组的鹅的DNA进行简化基因组测序，根据测序结果寻找出高低组之间ARHGAP21上的显著差异的SNP位点，并在大群中分型验证，以确定该SNP及ARHGAP21与鹅的产蛋性能之间的相关性。
1 材料与方法
1．1 实验材料
1．1．1 实验动物
本课题分型实验采集来自江苏立华牧业有限公司鹅中心育种场第九世代391只成年健康的扬州母鹅的翅静脉血液样品，将血液注入提前加好抗凝剂的1.5ml管中，并置于低温下保存，从血样中提取出DNA进行分型。鹅的产蛋期间都是在育种场的管理之下，并由工作人员记录鹅的个体产蛋总数，将产蛋数量与实验结果一起分析，研究SNP与产蛋性能之间的关系。
本课题荧光定量PCR的实验动物是来自江苏立华牧业有限公司鹅中心育种场第九世代成年健康的成年扬州母鹅，在产蛋末期将其放血处死，采集其卵巢组织样装入冻存管中即刻放入液氮中保存，用于组织RNA的提取，以分析不同基因型对于mRNA水平的影响。
1．1．2 实验主要试剂
1）DNA提取：鹅血DNA提取液、氯仿、醋酸钠（NaAc）、异戊醇、异丙醇、75%乙醇、超纯水；
2）PCR扩增：4种单脱氧核苷酸（dNTP）、PCR反应缓冲液、寡聚核苷酸引物、TaqDNA聚合酶、去离子水、上下游引物；
3）凝胶电泳：DNA Marker、TBE、Tris-Bas、硼酸、EDTA、DNA核酸染剂；
4）RNA提取：TRizol试剂盒（Invitrogen公司），氯仿，异丙醇，75%乙醇（DEPC），0.1%DEPC H2O；
5）反转录：高保真DNA聚合酶（北京NEB），cDNA第一链合成试剂盒（北京NEB），cDNA末端快速扩增试剂盒（Clontech，USA），2×Buffer，10×Enzyme，dNTP；
6)荧光定量PCR：荧光定量PCR聚合酶，去离子水、上下游引物、荧光染料。
1．1．3 实验主要仪器
恒温水浴锅
低温高速离心机
震荡仪
微量移液枪及枪头
超微量分光光度计
PCR仪
PCR小管
电泳仪
万分之一电子分析天平
电泳凝胶成像仪
匀浆机
实时荧光定量PCR仪