1  绪论
DNA是生物遗传信息的载体,在生物体遗传信息的横向和纵向传递中起着至关重要的作用。碱基互补配对不仅保证了遗传信息传递的忠实性,而且使DNA可以形成的诸多二级结构如发夹结构、核酸酶以及高级结构超螺旋结构,以实现多种功能,如识别、催化等等。[1]从另一方面来说,由于PCR技术的普及和进步,DNA的合成成本不断降低;β-DNA双链的直径在2nm,碱基之间的距离是0.34nm。由此可见,DNA分子作为纳米材料具有极大的潜力。DNA作为纳米材料有许多独特的优点。一定长度的DNA(单链或双链)大小基本一致,而不像其它纳米材料,不易制得统一的规格。DNA可以被受体识别,并且受碱基互补配对原则约束,所以DNA具有良好的可寻址性。而且作为生物体内源性的材料,DNA还具有良好的生物相容性。[1]此外DNA具有良好的水溶性。所以,DNA可以很好的用于医疗和研究。
自20世纪80年代起,Nadrian Seeman教授开创了DNA纳米技术这个新的领域。[1]在DNA纳米技术(DNA nanotechnology)这个概念刚刚提出时,人们并未对此给出应有的关注。在Seeman教授及其团队的努力下,随着越来越多的DNA结构被设计、建立起来,DNA纳米技术从20世纪90年代起逐渐成为炙手可热的领域。[2]1998年,tile自组装技术被建立起来。Tile自组装技术是利用各种设计好的DNA“小元件”(tile)来“堆砌”出想要的DNA结构。2006年,Rothemund等建立了DNA折纸术(DNA  orgami)。所谓DNA折纸术(如图1.1),就是将设计好的长链DNA单链用不同的短链DNA单链通过碱基互补配对来折叠起来,形成各种各样的DNA图形或三文结构,就像用针线把布匹缝成衣服。[3]
DNA纳米技术发展至今已经有了令人瞩目的成就,Jiang Li等用DNA纳米四面体结构连接特定的序列,它可以顺利进入免疫细胞中,稳定存在并在一定时间内产生持续的免疫刺激,分泌出多种细胞因子如白细胞介素、促炎性细胞因子、肿瘤坏死因子等。[4]Qiao Jiang等用DNA折纸术设计了几种DNA结构,然后通过这些DNA结构携带阿霉素(一种抗癌药物)顺利进入乳腺癌细胞以逆转细胞的抗药性。[5]Shawn M. Douglas等用DNA折纸术设计了一个优尔面体的机器人,它内部可以携带一些材料如蛋白质,可以通过一些刺激来实现逻辑运算,从而决定门的开合。[6]
因此我们计划用离子淌度质谱结合原子力显微镜来测定其拓扑结构。离子淌度(Ion Mobility,IM)技术是将离子在弱电场牵引下通过充满惰性气体的飘移室,离子受电场加速的作用向前运动,运动中同时与缓冲气体分子发生碰撞产生阻力使速度降低,不同形状和构象的离子因为通过飘移室所需的时间不同而得到分离,并记录它们的迁移时间分布。淌度实验测定的离子迁移时间可以转换成它们的碰撞横截面积(Collision Cross Section,CCS)。[7]CCS是离子三文空间构象的一个特征性参数。[8]将实验获得的CCS与结构数据(如EM,NMR或X-衍射晶体结构)相比较[9],我们可获得离子气相进程的重要信息。例如,去折叠介导的CID机制最近首次被离子淌度实验证实,通过对甲状腺素运载蛋白四聚体(Transthyretin)气相构象的监测,观察到随着在气相中不断经历碰撞,四聚体的碰撞横截面积开始变化,显现出正偏离于天然状态的多个构象。
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