PC-MYB基因的同源性分析(2)
生物信息学(Bioinformatics)，是现代生命科学与信息科学以及其它学科（计算机科学、统计学、信息科学、数学、化学、物理学）等学科相互渗透、相互交叉形成的新兴前沿学科[9]。生命信息学在生命科学发展进程中起了非常重要的作用，比如说生物信息的存贮、生物信息的传递、生物信息的表达等。随着人类基因组计划的实施以及分子生物学技术等相关学科的迅速发展，越来越多动物、植物、微生物的基因组序列得以确定，基因序列数据也得到很好的发展。生物信息学软件的主要功能包括数据的样本处理、序列比对、进化分析、基因表达分析、蛋白质结构预测等[10]。一般生物信息学软件可以分为商业和开源的两大类，大部分商业软件都是用在windows平台下，而大部分开源软件是在unix／linux平台下[11]。BIOEDIT是一个序列编辑器与分析工具软件，可以进行序列编辑、外挂分析程序、RNA分析等等[12]。BLAST是一款分析工具，可以对蛋白质或者核酸的序列进行相似性比较。PHYLIP软件可完成许多系统发生分析。在生物信息学中数据的常用格式有：Fasta，NBRF／PIR，EMBL，CLUSRAL，Genbank和phylip，这些格式虽然不同，但用一些软件可以相互转换。
1材料和方法
1.1 材料来源及序列
在美国国立信息技术中心NCBI( National Center for Biotechnology Information，NCBI: http: ∥www. ncbi. nlm. nih. gov / )数据库中查询下载拟南芥PC-MYB的蛋白质序列，本研究以其中一条进行相关生物信息学分析。待分析序列如下：
> myb-related protein 3R-1 [Arabidopsis thaliana]_aa
MKREMKAPTTPLESLQGDLKGKQGRTSGPARRSTKGQWTPEEDEVLCKAVERFQGKNWKKIAECFKDRTDVQCLHRWQKVLNPELVKGPWSKEEDNTIIDLVEKYGPKKWSTISQHLPGRIGKQCRERWHNHLNPGINKNAWTQEEELTLIRAHQIYGNKWAELMKFLPGRSDNSIKNHWNSSVKKKLDSYYASGLLDQCQSSPLIALQNKSIASSSSWMHSNGDEGSSRPGVDAEESECSQASTVFSQSTNDLQDEVQRGNEEYYMPEFHSGTEQQISNAASHAEPYYPSFKDVKIVVPEISCETECSKKFQNLNCSHELRTTTATEDQLPGVSNDAKQDRGLELLTHNMDNGGKNQALQQDFQSSVRLSDQPFLSNSDTDPEAQTLITDEECCRVLFPDNMKDSSTSSGEQGRNMVDPQNGKGSLCSQAAETHAHETGKVPALPWHPSSSEGLAGHNCVPLLDSDLKDSLLPRNDSNAPIQGCRLFGATELECKTDTNDGFIDTYGHVTSHGNDDNGGFPEQQGLSYIPKDSLKLVPLNSFSSPSRVNKIYFPIDDKPAEKDKGALCYEPPRFPSADIPFFSCDLVPSNSDLRQEYSPFGIRQLMISSMNCTTPLRLWDSPCHDRSPDVMLNDTAKSFSGAPSILKKRHRDLLSPVLDRRKDKKLKRAATSSLANDFSRLDVMLDEGDDCMTSRPSESPEDKNICASPSIARDNRNCASARLYQEMIPIDEEPKETLESGGVTSMQNENGCNDGGASAKNDQETSGSFFELRLCSPGMTRARPDNKVNASAKDLSNQHKISLGDFPTEEMSSEPLCTVDSIPLSAIDKTNTAETSFDIENFNIFDGTPFRKLLDTPSPWKSPLLFGSFLQSPKLPPEITFEDIGCFMSPGERSYDAIGLMKHLSEHSATAYADALEVLGNDTPESILKKRQLNKSIQGKENQHQPHDQLGNRSQVECRALDFSDCGTPGKAKVPSASPGGYSSPSSYLLKSCR
1.2 生物信息学分析软件
1.2.1PC-MYB的同源比对
在NCBI网站(http: //www. ncbi.nlm.nih. gov)上搜索PC-MYB基因，从而找到myb-related protein 3R-1 [Arabidopsis thaliana]_aa序列，然后进行BlastP比较。下载与目的蛋白序列同源性较高的蛋白序列。本研究共下载35条同源性较高的氨基酸（aa)序列以及相应的编码序列（cds）。
双击BioEdit软件，依次进行如下操作 file→open选中所需文件，Accessory Application →Clustal W alignment→Run clusld W→OK.最后保存文件，并对文件进行截图。