梨Metacaspase基因家族的生物信息学分析
毕业论文关键词：梨；Metacaspase基因家族；生物信息学
Bioinformatics analysis of the Metacaspase gene family in Pear
Abstract：The programmed cell death has a very important biological significance for the formation of pear stone cells. Metacaspase protease is the Caspase-like protease in plant cells, and it plays a key role in programmed cell death which similar to Caspase-like protease. This study is conducted by pear whole genome database, and the bioinformatics method is used to analyze the protein sequence, chromosome localization, amino acid composition, protein secondary structure and the gene family relationship of 12 sequences of Metacaspase gene family. In the end, the study perform the RT-PCR experiment to analyze the gene expression. The results shows that 12 protein sequences are pided into two types, the genome is located on 7 chromosomes, which more scattered than Arabidopsis. Protein secondary structure analysis shows that the amino acid sequences are composed of random curl as the main component. Gene expression is highest in both flesh and roots. And the results of this study provide an important basis for the further functional analysis of the Metacaspase gene family.
Key words: Pear; Metacaspase gene family; Bioinformatics
目 录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言1
1材料与方法2
1.1 实验材料 2
1.2 软件和网络资源3
1.3 Metacaspase基因家族序列收集和分析3
1.4 Metacaspase基因家族蛋白结构和理化性质分析4
1.5 Metacaspase基因家族系统发育分析4
1.6 Metacaspase基因家族染色体定位分析4
1.7 Metacaspase 基因家族半定量RT-PCR检测4
2 结果与分析5
2.1 Metacaspase基因家族的序列收集和理化性质分析5
2.2 Metacaspase 蛋白序列的二级结构分析5
2.3 Metacaspase 蛋白序列的MEME和CDS分析 6
2.4 Metacaspase 基因家族的系统发育分析7
2.5 Metacaspase 基因的染色体定位分析9
2.6 Metacaspase 基因在砀山酥梨不同部位的表达 10
3 讨论11
4 结论12
致谢12
参考文献13
图 1 Metacaspase 基因MEME分析7
图 2 Metacaspase基因CDS分析7
图 3 梨Metacaspase氨基酸的序列比对结果8
图 4 Metacaspase基因家族的系统发育分析9
图5 梨Metacaspase基因在不同部位的表达分析11
表 1 Metacaspase基因家族4
表2 半定量RT-PCR引物5
表 3 Metacaspase基因理化性质分析5
表 4 Metacaspase蛋白质二级结构分析6
表 5 Metacaspase 基因的染色体定位分析10
表 6 Metacaspase 基因的亚细胞结构定位预测10
梨Metacaspase基因家族的生物信息学分析
梨是一种蔷薇科植物，在世界市场上属于具有重要经济意义的温带水果。随着全球经济水平的发展和生活水平的提高，对梨新品种选育的重点正在从传统的产量需求转向水果的品质需求，特别是风。梨的这种独特的风是遗传和生化水平高度复杂地结合所产生的，它跟很多因素有关，其中石细胞是关键的因素之一[1]。石细胞是一种厚壁组织细胞，因为薄壁组织细胞在其初生壁上积累的木质素而生成了次生壁,由于具有硬化的薄壁，所以称为石细胞，其很少在其它水果的果肉组织中分布，而在梨果肉组织中多有分布。石细胞团发育从近果心处的薄壁细胞先发生，然后再逐渐向外发展，此外已经分化的石细胞也能诱导附近的薄壁细胞分化成石细胞，形成石细胞团，而石细胞团的直径若超过了250微米则会影响口感[2]。细胞程序性死亡（PCD）已被定义为遗传控制细胞消除过程，并在压力条件下的发育过程中观察到所有真核生物有此现象，而且它对发育生物学和组织持续再生非常重要，同时也参与形成了梨的石细胞团。依据形态学特征，可以将多细胞动物的细胞程序性死亡分为三类，分别是细胞凋亡、自噬、非溶酶体性细胞程序性死亡，而在植物中分为两种类型，分别是细胞液泡死亡和坏死。在植物中，细胞程序性死亡在木质部的形成、胚胎悬吊器变性和谷物糊粉层的细胞形成中起到关键的作用，同时在组织和器官老化过程中的各种生物和非生物因素等压力因素作用下也产生反应。石细胞通常分布在植物的根、茎、叶、花、花粉、果实和种子之中，此外，有些植物的韧皮部和木质部文管束的周围、皮层或髓的薄壁组织中也多有石细胞[3]。