2。2。1。2目的基因(Bgla)的扩增
1。引物的设计
根据Bgla的DNA序列,设计引物为Bgla-Act-F和Bgla-R, Bgla-Act-F的序列为ATTAATCAGTCACAATGCTGCCTCGCCGGATGC。Bgla-R的基因序列为GAGGCAGCAT
TGTGACTGATTAATGTATGAAGCTGATGAAAG,其中划线部分是Bgla的基因,剩余部分为启动子的基因序列。
2。PCR扩增
同上述步骤先用Taq酶验证条件,然后将Taq酶换成Fastpfu酶。25ul体系为:18。3µL的H2O,2。5µL10×(taq)bµffer,1 µL的基因组DNA,2ul的DNAT,0。5µL的Bgla-Act-F,0。5µL的Bgla-Act-R和0。2µL的Fastpfu酶。PCR反应程序为:94℃,2 min预变性后。94℃,30s变性,60℃ ,30s退火,72℃,30s延伸,三步为一个循环,进行30个循环后,72℃延伸3-5 min。重复上述的步骤多次,将所得到的启动子PCR片段跑胶回收。
3。Bgla DNA的回收
在紫外灯下切下含有目的DNA的琼脂糖凝胶,用纸巾吸尽凝胶表面液体并切碎,计算凝胶重量,置于1。5ml离心管中(离心管重1g,凝胶重0。48g),凝胶体积按1mg=1ml算,加入3倍体积的Buffer DE-A(1440ul)。混合均匀后于75℃加热。在上述试管中加入360ul的Buffer DE-B,混合均匀。然后将试管摇匀,置于55℃至凝胶溶解(注:如果胶溶解后变紫色,说明pH偏碱性,可加入少量 3M醋酸钠(pH5。2),使溶解液变偏黄色,可提高回收效果),吸取上述步骤3中的混合液,转移到DNA制备管,9000r离心1min,弃滤液。将制备管置回2ml离心管,加500ml Buffer W1,9000r离心30s,弃滤液。将制备管置回2ml离心管,加700ml Buffer W2, 9000r离心30s,弃滤液。以同样的方法再用700ul Buffer W2洗涤一次,9000r离心1min。将制备管置回2ml离心管中,9000r离心2min。将制备管置于洁净的1。5ml离心管中,在制备膜中央加30ul的TE,室温静置1min,9000r离心1min洗脱DNA。
然后用Nanodrop法测回收DNA浓度。其方法步骤为:打开电脑,选择Nanodrop2000程序软件,待初始化完成后选择“Nuclear acid”,再初始化。在仪器的加样处加入3µL TE Buffer,洗涤。再加入1。5ml TE Buffer合上盖子。点击“Blank”选项校零。用纸轻轻吸干样品孔的TE buffer,再加入1µL待测DNA溶液,盒盖,点击“Measure”电脑即可生成测量结果(绿色框中),观察DNA纯度是否异常。
2。2。1。3 启动子(Pact)与目的基因(Bgla)的连接(Pact-Bgla)
重叠PCR过程中,Pact的引物Bgla-Act-R设计时要比XbaⅠ-F长,Bgla-Act-R设计时要比Bgla-R长,原因是因为Bgla-Act-R引物上要有启动子相关序列,XbaⅠ-F引物具有目的基因相关序列,在XbaⅠ-F和Bgla-R的作用下,由于采用了具有互补末端的引物,使PCR产物形成了重叠链,接着再进行扩增反应,通过重叠链的延伸,将不同来源的扩增片段重叠拼叠起来。
重叠PCR的方法为:将过柱回收的Bgla和Pact的DNA各1。1µL、2。2µL加入PCR体系中,加入Xbal-F、Bgla-R,Fastpuf酶各0。5ul,PCR反应程序为:94℃,2 min预变性后。94℃,20s变性,60℃ ,20s退火,72℃,2。15min延伸,三步为一个循环,进行30个循环后,72℃延伸5 min。重复多次,将产物进行凝胶电泳,然后进行切胶回收。
2。2。2 Pact-Bgla与载体(pCAMBIA-1300)连接(Pact-Bgla -pCAMBIA -1300)
2。2。2。1 Pact-Bgla的酶切
Pact-Bgla两端含有XbaI和 HindⅢ酶切位点,大肠杆菌pCAMBIA-1300也有这两种酶切位点,并且这两种酶在其它基因克隆中也可以用到,因此综合分析后选择了XbaI和HindⅢ。用XbaI和HindⅢ这两种酶,将目的基因(包含启动子)切出粘性末端,以便于与载体连接。根据说明书配置体系,体系体积根据酶切DNA的量决定。双酶切的Buffer选择根据说明书选择适合两种酶的Buffer,最后选择Ligare buffer。酶切体系(20µL):2。5 µL的H2O、2 µL的10×Tango buffer,12µL的Pact-Bgla,0。5µL的XbaI,0。5µL 的HindⅢ。