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从具体的案例来看，中国农业大学的柔性化科研系统[10]采用了B/S架构，引入了表单工具、工作流技术和XML技术；江西科技大学[ ]（Yu Wei, Xing Ruonan．2013）的系统是用JSP架构和SQL服务器数据库技术搭建起来的；西北师范大学科技业绩管理系统[ ]采用了Struts + Hibernate + Volecity MVC 模式设计；上海交通大学安泰经济与管理学院的科研工作量统计信息系统[ ]利用ASP编程,数据库采用SQL Server2000,服务器端采用Windows2000Server (带IIS、ODBC)……24174
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通过对高校系统文献的充分研究和对具体系统的深入了解，我们发现高校科研信息系统普遍存在以下问题：
1. 部门之间缺乏沟通。在一些功能模块的设计当中，由于事先缺乏部门之间的协调和沟通，也未经过系统化的需求分析和论证，经常导致平台开发完成之后存在着这样的问题，即虽然技术部门制定了系统的操作规程，但是实际操作中用户不愿按照预期流程操作，甚至放弃使用功能模块和操作规程，最后导致技术文护部门工作繁重，而且系统使用效率低[ ]（谢海波，林书兵．2010）。
2. 项目立项后实施过程缺乏监管。目前许多高校只重视初期立项， 科研管理部门的工作重心普遍放在对项目合同审查和申报等方面，缺少中期检查，尤其是对项目完成情况和效果没有后期跟踪[ ]（徐修德．2003），致使一些问题等到项目完成后才发现，为时已晚。论文网
3. 统计决策无数据支持。高校在进行科研数据管理时片面追求对项目和成果等可量化数据的管理，轻视或忽视了学术会议、学术报告、科研机构、科研人员等科研数据[4]（乔红军．2012），导致对高校整体科研水和科研现状无法有效地全面把握。
4. 科研管理混乱、参与度低。科研管理工作的顺利有序进行需要科研管理人员与科研工作者的广泛共同参与，但目前局限于观念和工作方式等方面的弊病，科研人员并没有积极参与，使得科研工作互动性相对较差[4]（乔红军．2012）。
5. 安全问题层出不穷。中国高校在系统运行和技术文护方面大多都缺少一支稳定的专业技术队伍，专门负责运行的安全问题[6]（谢海波，林书兵．2010）。
但同时，我们发现，近年来，高校科研信息系统的研发逐渐出现了很多引人注目的创新点。
清华大学的科研系统，对其系统进行了财务方面的知识创新。系统实现了科研主管部门与财务部门的数据共享，使管理的动态性和经常性成为可能[ ](刘沐，谢素萍，皮新玲，刘硕．2011)。系统实现科研项目编号与财务项目编号的一一对应， 建立了科研系统与财务系统的关联， 解决了长期以来项目信息与经费信息无法对应的问题。中国农业大学的科研信息系统，则侧重于柔性系统的设计与开发。他们认为柔性系统可以使科研管理成为一个系统工程, 有助于降低系统的成本、提高系统的适应能力和缓冲能力、有效地避免重复开发和资源的浪费, 从而提高全过程管理能力, 具有可变性和易用性, 提高系统对环境变化的适应能力[ ]（吴志刚，刘竹青，高茹美．2010）。其系统具备权限柔性、表单柔性、报表柔性、流程柔性和界面柔性等五大柔性特点。重庆医科大学的科研信息系统，则在系统、设备管理数据库和耗材管理数据库的建立方面有独到的创新。他们认为建立科研型实验室系统可以将现代管理思想与网络技术, 数据存储、处理技术及自动化仪器分析技术有机结合起来, 构建了集成智能的实验室综合信息管理系统[ ]（胡雪，曾照芳，万祥辉，万富明．2010）。系统可根据耗材库存量、耗材过期日期、仪器文护要求、设备使用情况等数据结合自定义的预警规则向实验室管理员发出预警信息。