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1.3.2 不同物种的蛋白序列关系 3
1.3.2.1 序列比对 3
1.3.2.2 建立进化树 3
1.3.2.3 绘制柱状图 3
2 理论原理及计算方法 4
2.1 ChemOffice软件简介 4
2.2 SYBYL软件简介 4
2.3 研究方法概述 5
2.3.1 分子立场 5
2.3.2 分子叠合 5
2.3.3 分子优化 5
2.3.4 CoMFA与CoMSIA 5
2.3.5 Molecular docking 6
2.3.6 分子进化 6
2.4 研究方案 6
3 HMG-CoA合成酶抑制剂活性预测及定量构效关系研究 7
3.1 3D-QSAR模型构建 7
3.1.1 模型操作步骤 7
3.1.2 模型结果分析 8
3.1.2.1 分子叠合结果 9
3.1.2.2 回归分析结果 13
3.1.2.3 活性预测结果 14
3.1.2.4 CoMFA/CoMSIA等势图 16
3.2 分子对接 17
3.2.1 对接操作步骤 17
3.2.2 对接结果分析 17
4 HMG-CoA合成酶蛋白序列及分子进化规律研究 20
4.1分子进化 20
4.1.1序列比对 20
4.1.2 进化树 28
4.1.3柱状图 33
5结论 34
致谢..35
参考文献..36
1 绪论
1.1 研究的背景与目的
羟甲戊二酰辅酶A合成酶也叫做HMG-CoA合成酶是酮体生成过程中的一个酶，是乙酰CoA和乙酰乙酰CoA通过化学反应得到的有6个碳的3-羟甲基戊二酸单酰CoA，接着再由一系列的连锁反应生成乙酰乙酸、β-羟丁酸以及丙酮。[1]
人体的肝脏是生成酮体的主要器官，接着通过人的循环系统传输到需要消耗能量的目标器官，特别是在脑部，血脑屏障允许酮体的经过，从而保证脑部在低血糖时使用。
分子进化是当前生物进化研究最为先进、最为活跃的领域之一。主要研究的内容包括生物大分子的演变，而生物大分子的演变又细分为蛋白质分子的演变、核酸分子的演变和遗传密码的演变。在演变的过程中，主要研究内容包括同源性分析、进化速率估计、系统发育树、分子种及基因起源等方面。越来越多的科学家通过分子进化的方法来研究疾病的发生、演变的规律，寻找最有效的治疗和研制新药方法，为分子进化开拓了新的方向。[2]
核酸[3]作为遗传物质，一般情况下，低等生物的DNA量是最少的，反之；但是当物种进化到一定阶段时，基因的数目不在成比例的增加导致代谢与人没有太大的差别，说明酶的结构基因没有太大的增加。在进化的过程中，除了物质的量在改变之外，质也有变化。