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运用Sybyl软件中的Surflex-Dock模块，首先对分子的结构进行绘图，然后将不同结构的羟甲戊二酰辅酶A合成酶抑制剂分子对接到三文结构中；用来研究不同结构羟甲戊二酰辅酶A合成酶抑制剂与活性之间的关系。
1.3.1.1 3D-QSAR模型构建
3D-QSAR指的是引入了药物分子三文结构信息进行定量构效关系研究的方法，这种方法拥有更加明确的物理意义和更加丰富的信息量。同时间接的反映了药物分子与大分子相互作用过程中两者之间的非键相互作用特征，成为主要的药物设计方法之一。在这其中，应用最广泛的是比较分子场和比较分子相似性指数方法。[8]
本论文中将要进行分子对接的79个羟甲戊二酰辅酶A合成酶抑制剂通过ChemDraw软件画好结构，保存为PDB的文件格式，然后通过不断的优化来筛选论文需要用到的分子,进行最优分子结构的搭建，随后用Sybyl-X软件打开，利用Tripos力场进行比较分子场和比较分子相似性指数计算，借此来寻找最优的化合物结构，最终保存为Sybyl-X软件专用的mol2文件格式。同时计算筛选得到的羟甲戊二酰辅酶A合成酶抑制剂的活性数值。
1.3.1.2 分子对接
分子对接[9]是在分子的活性位点处放入已知三文结构的分子。通过一定方法不断优化受体化合物的位置、构象、二面角、受体的氨基酸残基侧链和骨架，寻找受体小分子和靶标大分子的最佳构象，预测对接模式，再通过打分的形式来表现其亲和力。从而挑选出接近天然构象的与受体亲和力最佳的配体的一种分子模拟作用方法。
首先准备对接对象，定义为2WYA.pdf文件。本论文将用到模型构建时的羟甲戊二酰辅酶A合成酶抑制剂。构建3D-QSAR模型后得到较好优化结果的复合物，用Sybyl-X的Surflex-Dock模版功能进行分子对接模拟，然后观察对接后复合物的三文结构图，从复合物中提取配体，删除不需要的结构，进行对接结果的分析。
1.3.2 不同物种的蛋白序列关系
在分子进化部分，首先在美国国家生物技术信息中心，也就是NCBI网站上搜寻羟甲戊二酰辅酶A合成酶分子在不同物种中的蛋白序列，进行初步筛选后通过Blast模块进行序列比对，比较不同生物的结合蛋白的序列，建立分子进化树。得到的结果将帮助我了解羟甲戊二酰辅酶A合成酶分子在不同物种中的进化规律。