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（2）科研创新能力薄弱
企业要实现转型升级，需要不断提高学习能力和自主创新能力。奉贤区大多数中小企业由于没有能力或者不愿意设立技术研发机构 ，使得企业的科研设施十分短缺。这主要是由于奉贤区的地理位置不佳以及许多中小企业管理机制的落后，导致企业很难吸引到高新技术人才的加入，科技人才非常短缺，技术创新能力和成果开发转化能力均较差。而实际上企业转型升级的过程就是企业创新能力不断提升的过程，转型升级与自主创新是密不可分的。
（3）质量理念缺失，品牌意识薄弱
奉贤区中小企业中大部分都是属于劳动密集型的代加工企业，生产技术和装备水平都较为落后，在企业长久的生产过程中片面追求价格的竞争性，而对生态环境和生产条件引发的质量问题，一直未能引起足够重视，这也使得企业很难突破产品升级和功能升级。除此之外，由于许多企业在过去长期以来都以代加工为主，即使现在有了自己的产品，但是品牌意思还是很薄弱，对于品牌的建设与文护投入甚少，因此生产产品的附加值不高，这也阻碍了企业进一步的发展。
（4）管理方式陈旧
奉贤区的企业往往都带有家族制色彩，不少中小企业家缺乏专业的管理训练，科学素养和管理技能有待提升。在实际管理企业过程中，企业家往往大权独揽，不注重引入职业管理人员进行授权管理，难以达到现代化企业所要求的精细化乃至精益化管理的目标，以致企业浪费严重，成本高启。
（5）基层员工素质参差不齐
奉贤区许多中小企业都是属于劳动密集型的企业，而大部分企业都不注重员工的思想引导与技能培训，从而导致企业内部员工素质不一，并影响到了企业的更好发展。
（6）缺乏高端人才
中小企业转型升级的关键在于各类人才，尤其是一些高端人才。奉贤区地处上海郊区，在交通及生活配套设施都不及市区企业，因此许多的人才都不愿意来奉贤企业就业。即使有些高端人才引进了，但由于企业没有规范的人才激励机制，使人才对企业难以产生归属感、对企业发展缺乏成就感，结果到最后还是难以留住这些高端的人才，也进一步阻碍了企业的转型升级。
（7）中小企业融资困难，缺乏有效资金支持
成功的转型升级需要企业在科技创新、高新技术引进与环境污染治理等方面进行大力投资，而奉贤区大多数中小企业的资金实力不够雄厚，因此加大金融支持力度，有利于中小企业获得转型升级的资金缺口。目前，奉贤区大部分企业认为：转型升级需要投入的资金过大，而企业自身融资困难，这严重影响了企业的转型升级。即使有部分企业能够贷到款，也感到成本过高、负担过重、难以承受高额的利息。
（8）中小企业用地问题
由于历史问题，奉贤区不少民营中小企业在用地上存在“先上车后买票”的情况，时至今日土地指标问题仍然存在。由于规划调整，不少企业用地不在规划园区内，厂房无法翻新改建，影响到了企业技术改造和转型升级，原有村办改制企业只有“红证”无法抵押贷款，影响到了企业融资。动迁企业的用地需求无法满足，继续发展受到限制。土地资源的有限，使得中小企业获得土地的难度越来越大，影响了企业的转型升级。
2.外部因素
（1）社会责任不断加重
现在的中国已经进入“资源有限”的时代，资源环境约束日益凸显。政府对于企业节能减排的要求也越来越高。奉贤区一些民营中小企业在过去快速发展的过程中，不注重这些问题，然而随着国家相关节能减排政策的出台与制定，企业在节能减排这方面的社会责任也就更大了，很多的企业不得不投入大量的人力物力在这方面，无形之中也为企业带来生产经营之外的压力。