猪13号染色体影响猪产仔数的SNP鉴别(2)
二花脸猪是我国太湖流域的国家级畜禽遗传资源保护品种，以耐粗饲，抗病力强，环境适应力强，肉质好，繁殖性能优越等优点闻名于世[2]。二花脸最突出的优点就是其高繁殖力，是全球猪种中产仔数最高的一个品种，母猪头胎产仔数12.14头，经产可达15.83头，最高单胎产仔记录为42头[3]。解析二花脸高产仔数的遗传机理，对我国养猪业的发展具有巨大的意义。
候选基因法与定位数量性状基因位点（QTL）法是鉴定基因位点的主要方法。动物遗传育种学家从分子遗传水平上寻找性状的遗传差异或与数量性状连锁的遗传标记，从而实现真正的基因型选择。分子遗传学及测定技术的飞速发展，让科学家有机会确定控制表型性状的基因或与该基因紧密连锁的遗传标记在此基础上可对家畜直接进行基因型选择或标记辅助选择。近年来的研究表明，影响数量性状的遗传变异既有数目众多的微效基因的共同作用，又有起主要作用的主基因或主效基因（Major Gene），一般认为，当一个基因的表型效应达到一个表型标准差以上时，即可认为是主基因。经过国内外学者的大量研究，我国太湖猪高繁殖性能的基因作用已基本明确：产仔数不是由单基因控制的，主效基因效应明显，基因的显性效应十分明显，同时存在多基因效应。
在研究影响产仔数的候选基因中，已鉴别出了一些候选基因[4]，包括报道较多的ESR、FSHβ、RARG、RBP4、PRLR和OPN基因，但这些基因位点通常只在特定的群体存在关联性[5，6]，不具有普遍性。对于二花脸群体，先前曾有研究发现FSHR、OB和OPN基因与二花脸最高产活仔数显著相关[7-9]。但这些基因是二花脸猪高产的主效基因还是与主效基因的紧密连锁尚未确定。
在QTL定位方面，在pig QTL Database（pig QTLdb）上已定位了109个与猪产仔数有相关的QTL，其中在13号染色体上，定位了15个与产仔数相关的QTL。Schneider等[10]将控制总产仔数的QTL定位于猪13号染色体SO222附近，其分布为48.11-48.25 cM。其差异达到了极显著水平。Garrick等[11]在猪13号染色体上定位了12个控制产仔总数的QTL。Jose L Noguera等在对一个Iberian ×梅山的资源群的研究中发现了基因组水平极显著的QTL:SSC13上的QTL来源于梅山，加性效应为+0.71产活仔数和+0.61总产仔数。
通过前期指导老师所在实验室对常州焦溪二花脸猪合作社、常熟二花脸国家保种场207头二花脸约1000窝产仔数据的跟踪记录和分析，二花脸猪群体内产仔性能分离显著，尤其是初产总产仔数和产活仔数变异系数分别达到22.14%和26.97%。但是目前还没发现导致二花脸种群内产仔性能变异系数大的原因。计算二花脸猪群体总产仔数的育种值后发现，育种值最高的25头（top12%）和最低的25头（bottom 12%）的总产仔数差异极显著，其中总产仔数相差5.13头（见表1）。因此，该二花脸群体可以用来初步解析二花脸猪品种内产仔数变异的遗传机理，并为二花脸猪高产仔数基因的鉴别奠定重要基础。本实验室于前期研究中在13号染色体发现了与产仔数显著关联的QTL。并将位于13号染色体显著位点上下游100kb范围内的RBP1基因列为是影响二花脸群体内产仔数变异的功能候选基因。
视黄醇结合蛋白（Retinol Binding Proteins）是体内起特异运载功能的一类蛋白，RBP在体内有四种结构，是同一种蛋白不同的修饰和剪辑类型。RBP的功能是将文生素A从肝转运至靶细胞和靶组织以实现文生素A细胞内的转运代谢。它的作用机制是RBP首先与文生素A结合形成VA-RBP，然后VA-RBP和甲状腺素运载蛋白（transthyretin）结合形成复合体VA-RBP-TTR，然后经体内血液循环系统运送至靶细胞、靶组织，与特异受体结合，进而将文生素A转运至细胞内的受体。视黄醇在猪妊娠早期可能影响基因转录、细胞分化和增殖、妊娠文持、胎盘形成和发育过程中的变化。根据相关研究，将RBP4作为猪产仔数的候选基因，初步结果显示，有利等位基因的加性效应在高繁品系中是（0.45±0.30）头/窝，在对照品系中是（0.45±0.43）头/窝[12]。作为RBP4基因同家族的基因，RBP1有可能是影响二花脸产仔数的主效基因。