茄科植物MLO家族基因的鉴定与比较基因组学分析(2)
1.2 茄科植物MLO家族蛋白的系统进化分析
为构建系统进化树，将获得的茄科及其它植物Mlo基因的蛋白序列提交到muscle(https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/)在线工具上，利用默认条件对这些序列进行比对，接下来保存比对结果，然后将这个比对结果提交到BioNJ在线工具上(http://www.phylogeny.fr/)，在参数默认条件下，系统进化树被构建。为提高系统进化树的精确性，本研究还利用MEGA 4.0.2 [17]软件，选择近邻算法(NJ)构建系统进化树，然后比较两种方式构建的系统进化树之间拓扑结构，系统进化树具有一致性，这说明本研究构建的茄科植物MLO家族蛋白的系统进化树可靠性较高。
1.3 茄科植物MLO家族蛋白的保守基序分析
继系统进化分析之后，我们想了解茄科植物MLO家族蛋白功能保守区段以及位点，这些区段或位点与MLO家族蛋白的功能具有密切关系。因此，利用MEME软件[18]，对拟南芥、水稻、番茄和土豆Mlo家族蛋白的保守基序进行分析，参数设置如下：保守基序数目10个，E值=1e-3，最小保守基序长度6，最长保守基序长度150，最大氨基酸位点数为150，最小氨基酸位点数为6，其它条件默认。
2 结果与分析
2.1 茄科植物MLO家族基因的鉴定
通过对拟南芥、水稻、番茄与土豆Mlo家族基因系统全面的研究分析并测出了他们的基因ID和蛋白ID，通过测序发现，拟南芥中含有有15个Mlo成员，它们分别是AtMlo1， AtMlo2， AtMlo3， AtMlo4， AtMlo5，AtMlo6， AtMlo7，AtMlo8，AtMlo9，AtMlo10，AtMlo11，AtMlo12，AtMlo13，AtMlo14，AtMlo15，而水稻中含有14个Mlo家族成员，分别是OsMLO1，OsMLO2，OsMLO3，OsMLO4，OsMLO5，OsMLO6，OsMLO7，OsMLO8，OsMLO9，OsMLO10，OsMLO11，OsMLO12，OsMLO13，OsMLO14。对于番茄和土豆他们都含有17个Mlo家族成员，分别是StMLO1- StMLO17，SlMLO1- SlMLO17。通过对以上基因序列以及其基因ID和蛋白ID的总结和分析总结得到下表。
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