参考文献 19

致谢 21

图清单

图序号 图名称 页码

图1 样品香农曲线 11

图2 稀疏曲线 12

图3 多样本曲线图 12

图4 主成分分析图 13

图5 真菌群落在门水平上的相对丰度图 14

图6 门水平上真菌群落组成柱状图 15

图7 真菌群落在属水平上的相对丰度图 16

图8 属水平上真菌群落组成柱状图

表清单

表序号 表名称 页码

表1 六头中国荷斯坦奶牛体况表 9

表2 25ulPCR反应体系组成 10

表3 每个样品微生物群落的OTUs（差异水平在0.03）、丰富度指数、多样性指数和测序覆盖范围 13

1 绪论

牛是草食性反刍动物，具有由口腔、胃、小肠和大肠组成的消化系统，可食用其他动物体难以消化的纤维素物质。中国荷斯坦奶牛是由来自世界各地的荷斯坦牛和中国黄牛杂交,经过近十年不断选育,而逐渐渐形成的一个品种，也是我国唯一的奶牛品种。中国荷斯坦奶牛,于1992年由“中国黑白花奶牛”更名而来,体格健壮、结构匀称、花片分明、毛色呈黑白花，是目前中国分布最广、数量最多、产现量最高的奶牛品种。肠道是动物对营养物质消化吸收的主要场所，可借助其内大量存在的微生物降解植物细胞壁中复杂成分，将植物纤维转化为人类可以直接利用的肉、蛋、奶等动物性蛋白质[1]。肠道内微生物不是独立存在的，它们与反刍动物间存在着互利互惠的共生关系，在维持宿主营养和免疫等方面起着重要作用。

目前，国内外已有很多人研究动物胃肠道微生物多样性。Ilmberger等[2]采用Illumina平台的高通量测序技术对不同年龄亚洲象的粪便检测，揭示了亚洲象大肠微生物群落结构组成。Ziemer[3]从猪肠道中采集粪便样品并加以培养，基于高通量测序技术分析猪的肠道微生态结构组成，便于将来人们研究肠道健康。Malmuthuge等[4]分别从断奶期犊牛瘤胃、空肠、回肠等五个不同位置采取样本，研究了饲料对肠道微生物群落和黏膜免疫功能的影响。Durso等[5]提取肉牛粪便中的样品总DNA，处理后结合高通量测序技术了解粪便中细菌毒素基因和抗生素抗性基因，并发现这些微生物主要存在于放线菌门和变形菌门。韩旭锋[6]基于高通量测序平台研究不同日龄的白绒山羊瘤胃中微生物区系变化以及用不同精粗比日粮饲喂后瘤胃微生物的菌群变化情况，探究瘤胃微生物区系的建群与自平衡过程，为陕北白绒山羊生产和营养调控奠定理论基础。总结发现，人们对于反刍动物机体内的菌群研究基本是在瘤胃和肠道中的细菌，同时研究较少的真菌在机体的消化吸收营养和健康生长等方面也发挥着重要作用[7]。