TXNDC17基因的进化分析+文献综述(2)
本文对含有TXNDC17基因的9种代表生物通过生物信息学相关软件进行了基因结构的分析，并进行了同源序列比对和进化树的构建。通过分析来进一步了解TXNDC17基因的进化过程，以更深入的了解TXNDC17基因的发展过程。此外，还对人类TXNDC17基因所编码的蛋白进行多方面的生物信息学分析，在认识基因的基础上对其编码蛋白也有一定的认识。对TXNDC17基因的进化进行分析研究能使我们对TXNDC17基因进一步了解，有助于从分子水平上了解硫氧还蛋白在文持细胞氧化还原平衡中的作用机制，以及在细胞抗凋亡及促进细胞增殖中的作用等。
1. 材料与方法
1.1 分析物种
经在NCBI数据库Gene上查询，TXNDC17基因仅在脊椎动物中普遍存在，为使此次分析更加具体更加全面，挑选了不同物种的代表生物种类进行基因进化分析。分析对象有人类、袋獾、地山雀、斑马鱼、锦龟、热带爪蟾、黄金蟒、扬子鳄和腔棘鱼（见表1），这些生物依次属于胎盘动物、有袋动物（胎盘动物和有袋动物共属于哺乳动物）、鸟类、硬骨鱼类、海龟、两栖类、蜥蜴、鳄目和腔棘鱼类,共九大类。
表1 分析对象
Table1 Analysis objects
物种（Species） 基因编号（GI） 位置（Location）
人类（Homo sapiens） 84817 Chromosome 17, NC_000017．11 (6640902．．6644541)
袋獾（Sarcophilus harrisii） 100920725 NW_003832433．1
(123201．．124258)
地山雀（Pseudopodoces humilis） 102106310 NW_005087580．1
(163699．．165882)
斑马鱼（Danio rerio） 445062 Chromosome 15, NC_007126．5 (15347465．．15352005, complement)
锦龟（Chrysemys picta） 101367244 NW_004450351．1
(4295590．．4298981)
热带爪蟾（Xenopus tropicalis） 100379744 NW_004668233．1
(43151290．．43161141, complement)
黄金蟒（Python bivittatus） 103048659 NW_006532066．1
(670066．．672964, complement)
扬子鳄（Alligator sinensis） 102378549 NW_005842493．1
(565964．．568613)
腔棘鱼（Latimeria chalumnae） 102361381 NW_005819023．1
(4292344．．4295988)
1.2 基因进化分析
用DNAman软件对九种生物进行同源序列比对并构建进化树，通过此分析进一步了解TXNDC17基因的进化过程，进而了解物种间的亲缘关系。
1.3 分析方法与工具
1.3.1 氨基酸序列分析
利用Protein-BLAST 同源搜索其保守结构域，确定其可能的功能。
1.3.2 理化性质分析
利用ExPASy网站的Protparam（http://expasy.org/ proteomics）工具预测蛋白质的基本理化性质。
1.3.3 亚细胞定位、跨膜区、信号肽分析和磷酸化分析
利用TargetP进行亚细胞定位分析，在http://expasy.org/proteomics上利用TMHMM工具分析蛋白质的跨膜区和跨膜方向[5]，利用SignalP 4.1 Server软件对氨基酸进行前导肽预测，NetPhos 2.0 Server软件预测磷酸化作用位点[6]。
1.3.4 二级结构、球蛋白区预测
利用SOPMA工具预测蛋白质的二级结构，利用GlobPlot软件（http://globplot.embl.de/）对蛋白序列中的紊乱区、球蛋白区进行预测。
1.3.5 三级结构预测
利用Geno3D工具预测蛋白质的三级结构，利用视图软件Rasmol进行可视化。利用Ramachandran视图工具对该蛋白预测的三级结构图形建模，观察Ramachandran图并分析[7]。
2. 结果与分析
2.1 基因结构与定位分析