稀释后浓度(mg/ml) 0.45 0.37 0.41
样品稀释倍数 10倍 10倍 10倍
样品原浓度(mg/ml) 4.55 3.68 4.14
2.4.3 蛋白酶解(Filter Aided Sample Preparation,FASP)
小型仪器:
涡旋振荡器(海门市其林贝尔仪器制造有限公司,型号:QL-901)
离心机(Thermo,型号:PICO17)
恒温孵浴池(上海浦东荣丰科学仪器有限公司,型号:HH.S4)
所需的试剂及耗材:文献综述
DTT(Bio-Rad,货号:161-0611,美国)
碘乙酰胺(Bio-Rad,货号:163-2109,美国)
iTRAQ试剂盒中的Dissolution Buffer(AB Sciex,PN:4381664)
胰酶(Promega,货号:V5111,美国)
10 K超滤管(milipore,PN:UFC5010BK)
实验步骤:
1、蛋白定量后取200 μg蛋白溶液置于离心管中。
2、加入终浓度25 mM DTT,60度反应1 h。
3、加入终浓度50 mM 碘乙酰胺,室温10 min。
4、将还原烷基化后的蛋白溶液加入10 K的超滤管中,12,000 rpm 离心20 min,弃掉收集管底部溶液。
5、加入iTRAQ试剂盒中的Dissolution Buffer 100 μl,12,000 rpm 离心20 min,弃掉收集管底部溶液,重复3次(为节省试剂,这步可以将Dissolution Buffer用水稀释5倍后使用)。
6、更换新的收集管,在超滤管中加入胰蛋白酶,总量4 μg(与蛋白质量比1:50),体积50 μl,37℃反应过夜。
7、次日,12,000 rpm 离心20 min,酶解消化后的肽段溶液离心于收集管底部。
8、在超滤管中加入50 μl Dissolution Buffer,12,000 rpm 再次离心20 min,与上步合并,收集管底部共得到100 μl酶解后的样品。
2.4.4 iTQRAQ标记
小型仪器:
涡旋振荡器(海门市其林贝尔仪器制造有限公司,型号:QL-901)
离心机(Thermo,型号:PICO17)
真空冷冻干燥机(Thermo,型号:SPD2010-230)
所需的试剂及耗材:
8标iTRAQ ® 试剂盒(AB Sciex,PN:4390812,PN:4381664)
Ziptip(Millipore,PN:ZTC18M096(2μg))来!自-优.尔,论:文+网www.youerw.com
实验步骤:
1、从冰箱中取出iTRAQ试剂,平衡到室温,将iTRAQ ® 试剂离心至管底。
2、向每管iTRAQ®试剂中加入150 μl异丙醇,涡旋振荡,离心至管底。
3、取50 μl样品(100 μg酶解产物)转移到新的离心管中。
4、将iTRAQ试剂填加到样品中,涡旋振荡,离心至管底,室温反应2小时。
5、加入100 μl水终止反应。
6、为了检测标记效率及定量准确性,从4组样品中各取出1 ul混合,用Ziptip脱盐后进行MALDI-TOF-TOF(AB SCIEX 4800 Plus)鉴定,确认标记反应良好。
7、混合标记后的样品,涡旋振荡,离心至管底。
8、真空冷冻离心干燥。
9、抽干后的样品冷冻保存待用。