2。3 多序列联配、蛋白质保守序列对比和系统进化树的构建 9

2。4 Trihelix基因家族在不同物种中染色体区段的复制分析 9

2。5 水稻Trihelix基因在不同组织表达水平分析以及不同激素的诱导下水稻根组织中的表达分析 9

2。6水稻Trihelix蛋白在该物种中的互作网络 10

3 结果和分析 10

3。1水稻Trihelix转录因子家族结果分析 10

3。1。1 水稻Trihelix转录因子家族的鉴定 10

3。1。2 Trihelix转录因子家族的进化分析 12

3。1。3 水稻Trihelix转录因子的保守基序分析 14

3。1。4 水稻Trihelix转录因子家族所在染色体区段复制分析 16

3。1。5 Trihelix转录因子家族在水稻和高粱、水稻和二穗短柄草之间染色体区段复制分析 17

3。1。6 Trihelix转录因子家族在水稻不同组织中的表达模式分析 18

3。1。7 六种不同激素处理后Trihelix基因在水稻根组织中的表达分析 19

3。1。8 水稻Trihelix转录因子家族的蛋白互作关系 19

3。2 二穗短柄草Trihelix转录因子家族结果分析 20

3。2。1 二穗短柄草Trihelix转录因子家族的鉴定 20

3。2。2 二穗短柄草Trihelix转录因子家族的进化分析 22

3。2。3二穗短柄草Trihelix家族全长蛋白的结构性分析 23

3。2。4 二穗短柄草Trihelix转录因子家族染色体复制分析 24

3。2。5 二穗短柄草Trihelix转录因子在短柄草、高粱、玉米和水稻中染色体复制分析 25

结 论 27

致  谢 29

参考文献 30

1引言

1。1 转录因子的概念

   转录因子（transcription factor）又被称为反式作用因子，它可以和顺式作用元件发生结合，调控靶基因转录效率。此外，它也可以激活或者抑制转录过程。典型的转录因子包含转录调控区、DNA结合区、核定位信号和寡聚化位点等结构。在植物中约有六十多个转录因子基因家族存在，在植物应对外界反应以及生长发育进程当中，它们都具备着重要的调控功能。在植物中，每个诱导型基因的表达大部分是由转录水平所调控的，每个转录因子正是在这一过程中扮演着重要作用，它们不仅可以对靶基因的转录进行调控，对信号传递有重要影响，还能在一些情况下诱导相关功能基因的表达。这些转录因子能在植物体内组成较为复杂而多样的调节结构，在时间及空间上共同参与植物基因的表达。

1。2 Trihelix转录因子的来源

近些年，Trihelix转录因子家族才开始被人们关注[1-5]，因其DNA结合结构域含有3个串联的螺旋结构（螺旋-环-螺旋-环-螺旋）而被称为Trihelix转录因子。因其DNA结构域能特异性地和光应答元件（GT元件）相结合，从而实现参与光应答调控，所以又被称为GT因子家族[6，7]。如果仅仅用基因数目作指标，Trihelix转录因子家族只是全部家族里的一个分支，借助于序列预测，可以进一步了解部分模式植物中Trihelix家族成员情况。根据结果分析，研究者在水稻中发现了31个成员，在拟南芥中发现有30个成员。在已知被研究对象中，最早被发掘出来的成员是豌豆中鉴定得到的GT-1转录因子，因其也能与GT元件发生特异性结合的功能，预测其同样可以参与光应答反应[6]。在后来不断的发掘新基因成员时，Lamp等人又在烟草中成功克隆出新的Treihelix转录因子即烟草GT-1因子[9]，同时证实了它含有3个串联的α螺旋。而最早的研究只针对于Trihelix转录因子对光应答反应的调控方面[10]，而后有一系列具备重要功能的基因被陆续发现，由此逐渐展开了对此家族的研究[1，2，5，11]。